Papon Maurice

Maurice Papon (né à Gretz-Armainvilliers le 3 septembre 1910 – mort à Pontault-Combault le 17 février 2007) est un homme politique et haut-fonctionnaire français, condamné en 1998 pour complicité de crimes contre l'humanité pour des actes commis alors qu'il était secrétaire général de la préfecture de Gironde entre 1942 et 1944, sous l'occupation allemande.

Cette affaire judiciaire avait commencé en 1981, après que Maurice Papon eut été ministre du Budget dans le gouvernement Barre. Préfet de police de Paris à partir de mars 1958, il a également été impliqué dans la répression sanglante de la manifestation du 17 octobre 1961 organisée par le FLN, et dans celle du 8 février 1962, organisée par le PCF pour protester contre l'OAS, connue sous le nom de l'affaire de la station de métro Charonne. Fils de notable, Maurice Papon passe une partie de sa jeunesse à Gretz-Armainvilliers, dans la maison familiale où il est né. Son père, Arthur Papon, premier clerc à l'étude de Me Aulagnier, fonde la Société française des verreries champenoises et sa mère se consacre à son éducation. Maurice Papon a 9 ans lorsque son père, de centre-gauche, devient maire de Gretz, poste qu'il conserve jusqu'en 1937 et qu'il complète par celui de conseiller général du canton de Tournan-en-Brie et de président de ce même conseil en 1937.

Après des études secondaires à Paris, au lycée Montaigne et au lycée Louis-le-Grand, Maurice Papon fait des études de droit et de lettres, milite à la Ligue d'action universitaire républicaine et socialiste aux côtés de Pierre Mendès France. Il est introduit par son père auprès d'amis politiques députés, très influents dans le Parti radical : il est ainsi membre du cabinet de Jacques-Louis Dumesnil, ministre de l'Air dans les trois gouvernements Laval de 1931 à 1932. En 1932-1933, il effectue son service militaire : 6 mois de formation au peloton des élèves officiers de réserve de Saint-Cyr, puis officier au 2e régiment d'infanterie coloniale, à la caserne des Tourelles à Paris, dans la compagnie d'instruction.

Il prépare le concours de l'Inspection générale des finances mais échoue. Marié, père d'une petite fille, il se présente au concours de rédacteur au ministère de l'Intérieur en 1935 pour subvenir au besoin de sa famille. Admis bien placé, il choisit Paris et il est affecté à l'Administration départementale et communale, où il fait la connaissance de Maurice Sabatier, alors directeur adjoint. Il est rapidement détaché auprès de François de Tessan, secrétaire d’État dans les deux gouvernements Léon Blum et les deux gouvernements Camille Chautemps. Puis il réintègre l'Administration départementale et communale. Il publie des articles dans Le peuple de la Brie, dont le directeur politique est François de Tessan. Ce dernier lui avait confié l'examen des questions marocaines. En 1938 et 1939, il écrit aussi dans Le Jacobin, journal bimensuel des jeunes radicaux dont le rédacteur en chef est Jacques Mitterrand. Il écrit aussi dans le Journal de la démocratie et dans La République de Seine-et-Marne, organe du parti républicain radical.

Mobilisé en septembre 1939 au 2e régiment d'infanterie coloniale à Brest, il s'occupe d'intendance et s'ennuie. Il se porte alors volontaire pour le Proche-Orient, où opère le 2e R.I.C.. Il est envoyé à Tripoli, puis, pour les services de renseignement, il commande en mars 1940 le poste de Ras el Aïn, où il étudie l'Islam. Après l'Armistice, Maurice Sabatier qui, après avoir été préfet en province, est devenu directeur de l'Administration départementale et communale qui s'est repliée à Vichy, réclame sa présence. Il est rapatrié en France pour raisons de santé en octobre 1940 et rejoint son corps d'affectation en tant que sous-préfet de 1re classe. Quand Maurice Sabatier est nommé secrétaire général pour l'Administration en février 1941, il entraine Maurice Papon qui devient son directeur de cabinet.

Maurice Papon est nommé le 1er juin 1942 secrétaire général de la préfecture de la Gironde. En janvier 1942, à la Conférence de Wannsee, les nazis avaient mis au point les grandes lignes des déportations massives des Juifs d'Europe occidentale vers les camps d'extermination. Le premier convoi de déportés quitta la France en mars 1942 mais l'intensification des déportations fut consécutive à un voyage de Reinhard Heydrich en France en mai 1942 et aux accords Bousquet, Secrétaire général de la police du régime de Vichy et Oberg, chef supérieur des SS et de la police allemande en France, pour la collaboration de la police française à la déportation des Juifs étrangers. En région parisienne, la rafle du Vel d'Hiv débuta le 16 juillet 1942. En dehors de la région parisienne, la principale concentration de Juifs était en Gironde, avec 1 884 Juifs recensés et 3 000 avec les départements limitrophes. Les préparatifs s'effectuèrent à partir du 2 juillet 1942 sous la direction du nouveau secrétaire général à la préfecture, du chef de service des questions juives, Pierre Garat et du capitaine SS Doberschutz. Les rafles de Bordeaux débutent le 15 juillet 1942 et durent deux jours ; 171 personnes font partie du premier convoi de Bordeaux vers Drancy.

L'un des enjeux du procès Papon, en 1997, a été de déterminer les responsabilités exactes des différents intervenants et en particulier celles de l'accusé. Maurice Sabatier a le titre de préfet régional. Maurice Papon est directement placé sous ses ordres et chapeaute cinq divisions de la préfecture et un Service des questions juives, pour lequel il a la délégation de signature. Ce service, dirigé par Pierre Garat, est chargé d'assurer la partie administrative des décisions de la délégation régionale du Commissariat général aux questions juives, dont celles de son SEC, Service d'Enquête et de Contrôle, c'est-à-dire la gestion du fichier juif. Il ne dépend pas du CGQJ, ni du SEC, il est chargé de les contrôler pour le compte du préfet. On ne trouve pas trace d'un tel service dans aucun autre département. De juillet 1942 à juin 1944, 12 convois transportent de Bordeaux à Drancy, près de 1 600 Juifs qui sont ensuite acheminés vers Auschwitz. Parmi les 1 600 déportés, un certain nombre a été arrêté en tentant de franchir la Ligne de démarcation, alors que d'autres, établis en Gironde et dans les départements limitrophes avaient été répertoriés par le service des questions juives.

À partir de 1943 et surtout en 1944, Papon est en contact avec des réseaux de résistance appartenant à la famille que l'historien Jean-Pierre Azéma qualifie de vichysto-résistants, c'est-à-dire de « Français qui ont dans un premier temps, cru en la Révolution nationale, ont souvent servi le régime, mais sont ensuite entrés en résistance sans esprit de retour ». Le degré d'implication de Maurice Papon dans la Résistance a été une question accessoirement débattue au procès de 1997. Il est incontestable que Maurice Papon a hébergé à plusieurs reprises Roger-Samuel Bloch, un fonctionnaire juif radié et membre du réseau Marco-Kléber, lié aux services de renseignement de l'armée de terre. Il a également rendu des services au réseau Jade-Amicol, qui travaillait pour le compte de Intelligence service. Début juin 1944, c'est Roger-Samuel Bloch qui conseille à Gaston Cusin, nommé par de Gaulle Commissaire de la République, mais encore clandestin, à faire appel aux services de Papon qui aide Cusin pendant les trois mois précédant la libération de Bordeaux. Sorti de la clandestinité, Cusin demande à Papon d'être son directeur de cabinet.

Maurice Papon avait été porté au plus haut grade de sous-préfet : hors classe, le 1er février 1942 et, étant à Bordeaux, avait refusé du gouvernement Laval trois promotions qui lui auraient valu le rang de préfet : adjoint au secrétaire général de la Police en zone Sud en mai 1943, préfet du Lot en novembre 1943 et préfet des Landes en janvier 1944. Le 23 août 1944, Gaston Cusin le nomme préfet des Landes pour prendre rang de préfet, puis le nomme son directeur de cabinet, auquel il veut déléguer son autorité sur les préfets de la région de Bordeaux. Maurice Papon est directeur de cabinet des trois commissaires régionaux de la République successifs : Gaston Cusin, Jacques Soustelle et Maurice Bourgès-Maunoury. Ces nominations furent contestées par le Comité de Libération (CDL) de Bordeaux. Maurice Papon, ayant été mis en expectative comme tous les fonctionnaires ayant servi sous Vichy, le Comité d'épuration du corps préfectoral, sous la présidence de Jean-Jean, confirme ces nominations le 6 décembre 1944, jugeant les contestations du CDL de Bordeaux non légitimes.

Il quitte Bordeaux pour raisons médicales. Remis sur pied, il est intégré aux services centraux du ministère de l'Intérieur. Chargé de la sous-direction de l’Algérie le 26 octobre 1945. Sous l'autorité de Hass-Picard, directeur des Affaires générales du ministère, il doit renseigner le ministre Adrien Tixier sur la répression qui sévit en Algérie à la suite des soulèvements de Sétif et Guelma, et qui scandalise le ministre. Maurice Papon est nommé chef de cabinet du secrétaire d'État à l'Intérieur Jean Biondi le 26 janvier 1946. Sous l'autorité d'Adrien Tixier, d'André Le Troquer et de Jean Biondi, Maurice Papon est chargé de la rédaction du projet de loi d'amnistie qui sera votée le 9 mars 1946. Nommé préfet de Corse le 8 janvier 1946, il est confronté à une très forte insécurité due au surarmement des Corses. Il s'implique dans le développement économique de la Corse et facilite, sous l'autorité de Jules Moch devenu ministre, le transit par la Corse du trafic aérien clandestin d'armes qui permet au jeune État d'Israël de survivre.

Nommé par Jules Moch préfet de Constantine le 17 septembre 1949, il contribue à calmer les esprits et à combler le fossé entre les communautés européenne et musulmane, fossé creusé par les évènements de Sétif et Guelma. Entre décembre 1951 et 1954, Papon est promu au poste de secrétaire général de la Préfecture de police, alors dirigée par Jean Baylot. On assiste durant cette période à un gonflement de l'immigration algérienne en France, qui atteint 210 000 personnes en 1954. Les nationalistes du MTLD sont très actifs parmi cette population. Le 14 juillet 1951, avant l'arrivée de Papon, 10 000 manifestants algériens marchent à travers Paris en brandissant le portrait de Messali Hadj. Le contrôle et la répression de l'agitation messaliste fait partie du travail de la préfecture de police. Les incidents violents sont nombreux, comme le 14 juillet 1953, où la police tire sur un cortège d'Algériens qui défile aux côtés de la gauche mais dans un cortège séparé. Il y a 7 morts.

Le 2 juillet 1954, Maurice Papon est nommé par Pierre Mendès-France secrétaire général du protectorat du Maroc. Sous l'autorité du résident général Francis Lacoste, nommé par le gouvernement précédent, le Maroc vit une période troublée qui mènera à l'indépendance. Papon continue à correspondre avec René Mayer qui votera plus tard la chute du gouvernement Pierre Mendès France à cause de leur désaccord sur la CED. Gilbert Grandval, nommé par le gouvernement Edgar Faure, arrive au Maroc avec une équipe complète formée en France, et Maurice Papon se retrouve sans affectation. Maurice Papon obtient, grâce à René Mayer, un entretien avec Edgar Faure qui le recase au secrétariat d'État aux Affaires algériennes, à compter du 2 février 1956. Malgré tous ses efforts pour être muté à la CECA, il accepte de retourner en 1956 à Constantine en constatant : « puisque personne ne veut aller en Algérie, j'y retournerai Inch Allah ! » Alors que la guerre d'Algérie sévit depuis un an et demie, Maurice Papon « a joué un grand rôle dans l'Est algérien de 1956 à 1958 », selon l'historien Jean-Luc Einaudi. Il est nommé inspecteur général de l'administration en mission extraordinaire (IGAME), c'est-à-dire préfet régional pour l'est de l'Algérie, le département de Constantine venant d'être découpé en quatre départements : Constantine, Bone, Sétif et Batna.

En mars 1957, il crée la Section administrative urbaine (SAU), constituée d'agents arabophones ou berbérophones, chargés de nouer des liens avec les habitants des bidonvilles. Les agents de la SAU montent des programmes de relogement, fournissent des papiers d'identité et recueillent des informations visant à identifier les réseaux du FLN. Papon crée le « Centre de renseignements et d'action » (CRA) chargé d'opérations policières, qui intègre dans une structure unifiée différents organismes de l'armée, de la gendarmerie, de la SAU et de la police civile. L'objectif est de centraliser les informations, puis d'étudier les actions à mettre en œuvre et d'envoyer des commandos spéciaux formés de harkis, de CRS ou de gendarmes pour procéder aux arrestations. Le CRA sera généralisé dans toute l'Algérie. Papon l'adaptera aussi à Paris, à partir de 1958, sous la forme du « Service de coordination des affaires algériennes ».

Partisan d'une approche psychologique de l'action contre le FLN, il se plaint du changement continuel de général commandant la division de Constantine et juge que les camps de regroupement sont trop loin des terres cultivées. Il reçoit la croix de la Valeur Militaire des mains du ministre Robert Lacoste, crée une assemblée régionale de l'Est algérien, fait accepter que le maire de Constantine, où les musulmans sont majoritaires, soit musulman, et créé une Cour d'appel à Constantine alors qu'il n'y avait avant qu'une seule cour d'appel, à Alger, pour neuf millions d'habitants. Il prend comme sous-préfet Mahdi Belhaddad, qui lui a parlé de la Ferme d'Améziane, où sévit la torture. Pour lutter contre les attaques terroristes, Papon met en œuvre les mêmes techniques que celles utilisées à Alger : déploiement des « détachements opérationnels de protection » (DOP) spécialisés dans les interrogatoires, c'est-à-dire la torture.

En mars 1958, Maurice Papon est nommé préfet de police de Paris sur la recommandation de Maurice Bourgès-Maunoury, alors ministre de la Défense nationale, qui avait été Commissaire régional de la République à Bordeaux en 1945. Quand il descend de l'avion qui le ramène de Constantine, il passe pour un homme qui connait particulièrement bien le problème de l'Algérie et sur lequel on peut compter pour faire face à une crise qui menacerait la République. A la chute du gouvernement Félix Gaillard, il refuse à Pierre Pflimlin le ministère de l'Algérie, refus jugé inquiétant par la classe politique. Ce refus, mais plus encore le soutien de Jules Moch, ministre de l'Intérieur juste avant l'arrivée au pouvoir du général de Gaulle, lui valurent son maintien en fonction par la Ve République. En juillet 1961, il reçoit des mains de Charles de Gaulle la croix de commandeur de la Légion d'honneur. Lorsqu'en 1967, Maurice Grimaud remplace Papon à la préfecture de police, le général de Gaulle dit à Grimaud : « Vous avez là un poste très important et exposé. Il y faut beaucoup de sang-froid et d'autorité. Vous succédez à un homme qui l'a occupé de façon considérable. »

À l'origine du remplacement du préfet André Lahillonne par Papon, il y avait eu la manifestation du 13 mars où, pour protester contre l'incapacité de l'administration à verser des primes de risque, quelque 2 000 policiers s'étaient dirigés vers l'Assemblée nationale aux cris de « Dides au pouvoir ! », « Fellagas assassins ! ». La principale mission confiée au nouveau préfet de police est d'imprimer un nouvel élan à la lutte contre le FLN dans la capitale. Ses diverses affectations depuis 1945 l'avaient particulièrement bien préparé à cette tâche.

En 1959, un recensement de la préfecture dénombra 131 819 Algériens dans le département de la Seine. Ils sont 152 000 en 1961 dont 8 000 femmes et 29 000 enfants. En août 1958, la Fédération de France du F.L.N. veut ouvrir un « second front » en France en vue de paralyser les forces militaires françaises en attaquant la police et des cibles stratégiques, mais depuis le début de la guerre, l'objectif constant de la Fédération de France du FLN n'est pas seulement la constitution d'un réseau clandestin de militants dévoués et efficaces, mais aussi d'exercer un contrôle absolu sur la population. Ce contrôle lui permet d'apparaître comme le seul interlocuteur valable pour représenter le peuple algérien, et il lui faut pour cela éliminer son rival, le MNA, organisation politico-militaire dirigée par Messali Hadj qui a remplacé le MTLD en 1954. Il permet également de collecter un maximum de fonds au moyen d'un impôt auquel sont assujettis tous les travailleurs algériens et qui peut représenter environ 8 % de leurs salaires.

Le MNA est pratiquement éliminé à Paris en 1960 à l'issue d'une guerre intestine sanglante. À Paris, le poids politique du FLN est exceptionnel grâce aux contacts avec les syndicats et les partis politiques dont peuvent disposer les immigrés travaillant dans les secteurs industriels avancés, grâce aussi au groupe d'étudiants et d'intellectuels d'une grande maturité politique qui peuvent nouer des contacts utiles avec les intellectuels, hommes politiques et les journalistes de gauche. Les deux wilayas de la région parisienne sont structurées en cellules locales, groupes, sections, secteurs, régions, zones et superzones. Une Organisation politico-administrative (OPA) est chargée d'exercer un contrôle sur la vie quotidienne et peut infliger des amendes pour les fautes légères, et en cas de fautes plus graves, les coupables sont exécutés par les groupes armés (GA) et une Organisation spéciale (OS). À partir de 1958, des comités de justice locaux imposent la loi islamique et réglementent le mariage, le divorce et les conflits commerciaux.

Le niveau d'autarcie politique, sociale et culturelle que le FLN avait pu établir permettait d'éviter que les émigrés n'aient de contact avec la société française et l'État français. Pour faire face à cette situation, Papon doit mettre en place une organisation lui permettant pénétrer un milieu a priori hostile, de débusquer l'ennemi et de lui ravir le contrôle de la population. Le préfet de police de Paris dépend directement des ministres de l'Intérieur qui se succèdent entre 1958 et 1962 : Jules Moch, Émile Pelletier, Jean Berthoin, Pierre Chatenet puis, à partir de mai 1961, Roger Frey. Michel Debré sera Premier ministre de janvier 1959 à avril 1962. De Gaulle est Président du Conseil à partir du 1er juin 1958, puis président de la République à partir de janvier 1959.

Le 9 juillet, de Gaulle crée un groupe de travail composés de représentants de différents ministère pour émettre des recommandations sur les formes les plus efficaces d'action psychologique et de propagande en vue de dégager la masse des musulmans de leur soumission au FLN. Le groupe de travail espère alors qu'à l'exemple des groupes d'auto-défense mis en place en Algérie, des petits groupes antifrontistes et fidèles à la France puissent tenir tête au FLN. Le groupe de travail souligne aussi que la législation et le droit pénal qui ne sont pas adaptés à la guerre révolutionnaire sont un réel obstacle à l'action. Le 1er août 1958, Papon remet au groupe de travail un document : « Notes sur la répression du terrorisme nord-africain ». Ce document est également envoyé à la réunion du 23 août du Comité de coordination et d'action psychologique (CCAP) qui chapeaute le groupe de travail et qui regroupe les ministres de l'Intérieur, de la Justice et des forces armées. Le document de Papon recommande au gouvernement de prendre d'urgence trois mesures :

• bannir de métropole tous les suspects terroristes, laissant les autorités militaires leur réserver un « régime répressif approprié »
• donner davantage de pouvoir aux tribunaux militaires
• autoriser l'assignation à résidence d'individus suspects d'activité FLN contre lesquels les preuves ne sont pas suffisantes pour lancer une procédure judiciaire

Par l'ordonnance du 7 octobre 1958, le gouvernement suit, en gros, les recommandations de Papon, autorisant notamment la détention d'Algériens arrêtés pendant deux semaines, ce qui donne le temps à la police et à l'armée de les interroger. Parallèlement à la mise en place d'une réglementation répressive, Papon participe à la mise en place de structures sociales, conformément au schéma de guerre révolutionnaire qu'il avait déjà contribué à mettre en place lorsqu'il était en poste à Constantine. Il s'agit de prendre en charge le nouvel immigré dès son arrivée dans les gares parisiennes ou à l'aéroport d'Orly, de l'aider dans ses démarches administratives tout en accumulant les informations dans un fichier de renseignements. Le Service de coordination des affaires algériennes (SCAA) est au centre de cet appareil répressif et social. Basé à la préfecture de police, il centralise toutes les informations sur le FLN à Paris. Le SCAA peut recourir, si besoin aux divers services de police, tant les gardiens de la paix et la police judiciaire, les unités anti-émeutes que sont les CRS et les gardes mobiles que des unités spécialisées, les Brigades des agressions et violences (BAV créées par le préfet Baylot.

Le SCAA est également en relation avec le Service d'assistance technique aux Français musulmans d'Algérie (SAT-FMA) conçu par des officiers supérieurs issus des SAS et venus d'Algérie en août 1958. L'objectif du SAT-FMA est de « gagner la bataille des âmes ». Selon les termes de Roger Cunibile, l'un des créateurs du service, l'aide sociale constitue « un moyen d'action, non un but ». Le Sat est organisé en six secteurs qui correspondent aux divisions policières. Chaque secteur dispose d'un bureau de renseignement spécialisé (BRS). Conseils en matière d'emploi, d'allocations familiales, de logement, délivrance de cartes d'identité et amélioration des conditions de vie se mêlent à des opérations de propagande et de collecte de renseignements.

Lorsque les bastions frontistes sont identifiés, des opérations de commandos dispersent les habitants des quartiers suspects vers des lieux éloignés. C'est l'opération « Osmose » menée à partir du 8 juillet 1959. Les récalcitrants peuvent être internés pendant un temps plus ou moins long au Centre d'identification de Vincennes (CIV). Au début de 1959, les agents du SAT préconisent à Papon de préférer le refoulement en Algérie plutôt que l'internement dans des camps français qui sont de véritables écoles de cadres du FLN. Papon transmet cette suggestion au gouvernement appuyant la demande par l'argument que « la hantise du renvoi en Algérie conduirait les immigrés à se rallier à la France ». Le délégué général en Algérie refusera que cette mesure concerne les militants « dangereux ».

À partir de la fin de 1960, le dispositif de lutte contre le FLN est complété par la création de la Force de police auxiliaire (FPA) composée de musulmans algériens volontaires et qui sera commandée par le capitaine Raymond Montaner. L'objectif des FPA est de disloquer l'organisation du FLN en arrêtant les responsables et en empêchant le prélèvement des cotisations. Ils parviennent à rallier les Algériens menacés de mort par le FLN et à recruter des indicateurs parmi les commerçants. La méthode utilisée par les hommes de Montagner est invariable: occupation d'hôtels habités par les travailleurs algériens, infiltration et recueil de renseignements, violences policières, tortures.

La première compagnie de FPA implantée dans un quartier du XIIIe arrondissement parvient à disloquer l'organisation frontiste dans cet arrondissement. Ce succès amène le préfet de police à implanter une deuxième compagnie dans le quartier de la Goutte d'Or. Dès lors, les patrouilles en file indienne de ces hommes en calots bleus, mitraillette à la ceinture, fait partie du paysage des XIIIe et XVIIIe arrondissements. Dans la lutte que mène la préfecture de police de Pairs contre le FLN, les FPA sont en première ligne. L'efficacité de la FPA, conclut Jean-Paul Brunet, a eu pour contrepartie l'emploi de moyens illégaux et moralement condamnables comme les arrestations et détentions arbitraires et la pratique systématique de la torture. Ces méthodes sont dénoncées dans la presse de gauche, et ce sont peut-être ces protestations, mais aussi l'ouverture des premiers pourparlers d'Évian entre le gouvernement français et le GPRA à la fin du mois de juin 1961, qui aboutisent au regroupement des compagnies de FPA au fort de Noisy à Romainville.

Toutefois, la préfecture de police mettra en avant que pour contrer la FPA, le FLN a également recours, « à une campagne diffamatoire » dont le but serait d'émouvoir l'opinion publique et d'obtenir la dissolution de l'unité. Des informateurs du 6e secteur SAT (Service d'assistance technique) signalent l'ébauche d'une telle campagne. Ainsi, « Des responsables frontistes et des militants bien choisis du foyer de Vitry - 45, rue Rondenay - ont reçu les consignes de déclarer dans les cafés et lieux publics qu'ils ont subi des exactions, ont été spoliés d'un portefeuille, d'une montre [...] et ont été l'objet de violences de la part de la "police algérienne" ». À ce sujet, le colonel Pierre Le Goyet rapporte une note diffusée en septembre 1959 par la Fédération de France du FLN : «  Pour ceux de nos frères qui seront arrêtés, il convient de préciser l’attitude qu’ils devront adopter. Quelle que soit la façon dont le patriote algérien sera traité par la police, il devra en toute circonstance, quand il sera présenté devant le juge d’instruction dire qu’il a été battu et torturé... Il ne devra jamais hésiter à accuser la police de tortures et de coups. Ceci a une très grande influence sur le juge et les tribunaux.»

En 1961, alors que s'engage une phase de négociations entre le gouvernement français et le gouvernement provisoire algérien (GPRA), on assiste à une recrudescence des attentats du FLN contre des policiers français. Ces attentats cessent à la fin du mois de juillet, au moment des pourparlers de Lugrin, mais reprennent avec plus de vigueur à partir du 29 août, sans que l'on sache si l'initiative en revient à la Fédération de France du FLN ou à un échelon inférieur. Les attentats dont ils sont victimes engendrent chez les policiers une véritable psychose. Il apparait que le corps des policiers, excédé par les attentats, est prêt à se faire justice lui-même. De fait, au début du mois d'octobre, un certain nombre d'assassinats d'Algériens est à imputer à des policiers ou à des groupes parapoliciers.

Le 5 octobre, Papon instaure un couvre-feu pour les Nord-Africains. « Il est conseillé de la façon la plus pressante aux travailleurs algériens de s'abstenir de circuler la nuit dans les rues de Paris et de la banlieue parisienne, et plus particulièrement entre 20h30 et 5h30 du matin. » Officiellement, il s'agissait « de mettre un terme sans délai aux agissements criminels des terroristes algériens ». En fait, il s'agit pour Papon de riposter au FLN pour prendre un avantage définitif dans la « Bataille de Paris » qui oppose depuis 1958 le FLN qui entend contrôler toute la population algérienne vivant dans la région parisienne à la police parisienne dirigée par Papon. Le couvre-feu est effectivement une gêne considérable pour les activités du FLN dont les activités étaient vespérales et nocturnes. Pour riposter au couvre-feu, le FLN décide d'organiser une manifestation de masse, pacifique, mais qui revêt un caractère obligatoire pour les populations, le 17 octobre.

Le 17 octobre au soir, entre 20 000 et 30 000 Algériens, hommes, femmes et enfants, vêtus de l'habit du dimanche pour témoigner de leur volonté de dignité, se dirigent vers les points de regroupements prévus par la Fédération de France du FLN. Les forces de police placées sous l'autorité de Papon répriment très brutalement la manifestation pacifique interdite. Plusieurs dizaines de civils algériens trouvent la mort. Des milliers de manifestants restent internés plusieurs jours dans des centres de détention où de graves sévices leur sont infligés. Le 3 octobre, lors des obsèques d'un policier victime d'un attentat, Maurice Papon avait déclaré : « Pour un coup donné, nous en porterons dix. ». Dans la même journée, il était passé dans plusieurs commissariats, autorisant verbalement ses hommes à tirer dès qu'ils se sentent menacés. Il avait donné sa parole qu'ils seront couverts. Par ailleurs, il n'avait cessé de donner des consignes tendant au respect de la légalité. « Gradés et gardiens, écrit-il, se doivent de toujours garder leur sang-froid et d'éviter les brimades qui engendrent le ressentiment et la haine et qui font finalement de jeu de l'adversaire ». Dans un rapport au ministre de l'intérieur daté du 9 octobre, il avait attiré l'attention sur le « malaise profond décelé au sein des services... qu'il n'est pas possible de laisser s'aggraver ... sans courir les plus grands risques ».

Constatant que Maurice Papon n'avait nul besoin d'exciter la police qui apparaissait comme une marmite sous pression, prête à exploser, l'historien Jean-Paul Brunet s'interroge « Qu'aurait fait un Maurice Grimaud, à sa place ? » estimant que ce dernier n'aurait pas absous par avance les exactions de la police comme Papon l'a fait le 6 octobre. On crédite en fait Maurice Grimaud, successeur de Papon, d'une répression modérée des manifestations de Mai 68. Répondant à Brunet, Maurice Grimaud insiste sur le caractère autoritaire dont Papon a fait preuve dans tous ses postes et souligne qu'il s'identifie pleinement à l'équipe gouvernementale du moment, c'est-à-dire de Gaulle, Debré, Frey. Il ajoute ensuite : « Aurais-je mieux maîtrisé les évènements ? Comme vous, j'en doute. Non seulement, les appels à la modération ne sont plus perceptibles au-delà d'un certain degré de passion, mais aussi parce que les policiers engagés se sentaient en phase avec une bonne partie de la classe politique et de la société civile. Et pas seulement avec l'OAS »

À partir de la fin de 1961, Paris est confronté à une vague d'attentats organisée par l'OAS. Le 7 février, dix charges plastiques explosent au domicile de diverses personnalités : un de ces attentats qui vise André Malraux défigure une fillette de 4 ans, Delphine Renard. Les organisations syndicales CGT, CFTC, FEN et UNEF appellent à une manifestation le lendemain même. Le PCF, le PSU et le Mouvement de la paix se sont associés à l'appel. Mais les manifestations sont interdites depuis le Putsch des Généraux en avril 1961. Papon rencontre le 8 février au matin une délégation syndicale. Il reste debout et, glacial, signifie que le décret du 23 avril 1961 reste valable et interdit les manifestations sur la voie publique. Les délégués informent qu'ils maintiendront la manifestation pacifique. Il n'était pourtant pas exclu que la manifestation puisse être autorisée, puisqu'il s'agissait d'un « rassemblement statique » et que d'autres rassemblements statiques avaient déjà été tolérés.

Dans ses mémoires, Papon a écrit qu'il avait suggéré au ministre de l'intérieur Roger Frey de tolérer également la manifestation du 8 février, que ce dernier en aurait référé au président Charles de Gaulle qui aurait répliqué « Qu'est-ce qui prend à Papon ? ». Jean-Paul Brunet estime plausible cette version des faits, mettant en avant que Frey et Debré, aussi fervents gaullistes que Papon, n'avaient rien démenti au moment de la parution du livre. La manifestation du 8 février 1962 contre l'OAS, est violemment réprimée. Huit manifestants sont tués à la suite des coups reçus ou périssent étouffés en fuyant l'extrême brutalité de la police, dans la bouche de métro Charonne. Un neuvième meurt peu après des suites de ses blessures. Les historiens Jean-Paul Brunet et Alain Dewerpe estiment qu'une responsabilité collective, des forces de police au chef de l’État, le général de Gaulle, en passant par le préfet Papon, s'établit. Pour Dewerpe, qui qualifie l'événement de « massacre d'État »: « L'équation finale se résumerait à ceci : le massacre contre le putsch. ».

Le 12 février 1962, le Premier ministre Michel Debré se rend dans les locaux de la police parisienne, pour « apporter le témoignage de sa confiance et de son admiration » ; puis, le 13 avril de la même année, il écrit une lettre à Maurice Papon, rendant « un particulier hommage à [ses] qualités de chef et d’organisateur, ainsi qu’à la façon dont [il a] su exécuter une mission souvent délicate et difficile ». En janvier 1967, Maurice Papon quitte la préfecture de police de Paris. Il est nommé président de Sud-Aviation, ancêtre de l'Aérospatiale. En 1968 il est élu député UDR du Cher. À l'automne de la même année, il devient trésorier de l'UDR, appuyé par le chef de l'État, le général de Gaulle. Jacques Foccart rapporte ce dialogue du 11 octobre 1968 dans son Journal de l'Élysée : « Jacques Foccart : [Le trésorier de l'UDR Robert] Poujade a l’intention de proposer Papon pour le remplacer, mais il veut connaître votre avis avant. Charles de Gaulle : Oui, Papon, c’est tout à fait convenable, c’est sérieux. En effet, c’est une bonne idée. »

Il est élu maire de Saint-Amand-Montrond (Cher) en mars 1971. Il le restera jusqu'en 1983. Il posera, en outre, la première pierre du lycée Jean Moulin. En 1972 il devient président de la commission des finances de l'Assemblée nationale. Il est réélu député en 1973 et 1978. Cette année-là, il obtient 51,47 % des suffrages exprimés au second tour, face au communiste Laurent Bilbeau. De 1978 à 1981, il est ministre du Budget dans le troisième gouvernement de Raymond Barre. En 1980, le Canard enchaîné publie un article sur les importantes remises fiscales accordées à deux gendres de Maurice Papon, alors ministre du Budget, et demande des explications ; Maurice Papon rétorque : « Vos questions n’appellent aucune sorte de réponse. » Moins d’un an plus tard, l’hebdomadaire satirique fait l’objet d’un contrôle fiscal approfondi.

Le 6 mai 1981, entre les deux tours de l'élection présidentielle qui devait conduire à la victoire de François Mitterrand, le journal « riposte », sur le mode de l'arroseur arrosé, en publiant un article de Nicolas Brimo révélant le rôle de Maurice Papon dans la déportation des Juifs bordelais. On y trouve deux documents datés l'un de février 1943, l'autre de mars 1944, et signés de la main de Maurice Papon, alors secrétaire général de la préfecture de Gironde. Ces pièces, montraient la participation du secrétaire de préfecture à la déportation des juifs vers l'Allemagne. Ces documents avaient été découverts dans les archives départementales de la Gironde par Michel Bergès, un jeune universitaire qui effectuait des recherches sur la collaboration économique. Bergès avait aussi découvert un procès-verbal de la police relatant l'arrestation de l'un de ses amis, Michel Slitinsky, dont la famille avait été déportée à Auschwitz. Bergès avait donné des copies à Slitinsky qui les avait lui-même communiqué au Canard enchaîné. Une autre note datée de novembre 1942, signée par Maurice Papon et produite pendant le procès, prouvera que celui-ci avait demandé au Commandant de la Direction de la Police de Sécurité allemande à Bordeaux la libération d'Alice Slitinsky, arrêtée le 19 octobre 1942 et relâchée le 5 décembre 1942.

En juin 1981, Papon demande la constitution d'un « jury d'honneur ». Le 15 décembre 1981, un jury d'honneur composé de cinq anciens résistants Marie-Madeleine Fourcade, Jean Pierre-Bloch, Daniel Mayer, le père Riquet et Charles Verny « donne acte à M. Papon de ce qu'il fut bien affilié aux Forces françaises combattantes à compter du 1er janvier 1943 et attributaire de la carte du combattant volontaire de la Résistance ». Il ajoute cependant qu'en restant en fonctions à la préfecture de Gironde, Maurice Papon fut mêlé de ce fait « à des actes contraires à l'honneur », et estime que ce dernier aurait dû démissionner en 1942.

Le 8 décembre 1981, Maurice-David Matisson, Jean-Marie Matisson, Jacqueline Matisson et Esther Fogiel déposent plainte pour "crimes contre l'humanité". Bien que l'affaire ait été déclenchée quatre jours avant le scrutin présidentiel, et touche un ancien préfet, député RPR du Cher, ministre du Budget du gouvernement de Raymond Barre, aucun élément n'est venu étayer un lien de cause à effet entre l'élection et les révélations du Canard enchaîné. Michel Slitinsky, revenant sur le déclenchement de l'affaire en 1998, soulignera au contraire l'arrière-plan politique de l'entre deux tours de l'élection présidentielle qui verra lancer ce scoop. Le journaliste du Le Canard enchaîné Nicolas Brimo avait consulté le candidat socialiste François Mitterrand pour choisir de concert la date du 6 mai 1981. Le titre de l'article était évocateur: « Quand un ministre de Giscard faisait déporter les Juifs ». Selon Eric Conan, la manœuvre politique aurait visé à faire basculer 200.000 voix juives dans le camp socialiste.

Papon est inculpé en 1983 de crimes contre l'humanité. En France, les crimes contre l'humanité sont imprescriptibles depuis 1964. Avant le procès de Maurice Papon, ceux de Paul Touvier et Klaus Barbie avaient été concernés par l'imprescribilité. Mais ce n'est qu'en 1997 que débute le procès, après dix-sept années de batailles juridiques. Il avait été renvoyé, le 18 septembre 1996, devant la cour d'assises de la Gironde par la chambre d'accusation de la cour d'appel de Bordeaux. Parmi les plaignants, on compte 34 membres de la famille de juifs déportés et 14 associations qui se sont constituées parties civiles. Papon est accusé d'avoir fait déporter, entre juillet 1942 et mai 1944, près de 1600 juifs de Bordeaux vers Drancy. Le renvoi devant les assises de la Gironde ne concerne que soixante-douze victimes déportées entre 1942 et 1944 et parentes des plaignants. Maurice Papon est défendu par l'avocat Jean-Marc Varaut. Bernard Vaugon lui apporte son soutien. C'est le procès le plus long en France depuis la Seconde Guerre mondiale.

Maurice Papon est condamné le 2 avril 1998 à une peine de dix ans de réclusion criminelle, d'interdiction des droits civiques, civils et de famille pour complicité de crimes contre l'humanité par la cour d'assises. Seules ont été retenues, pour quatre convois sur huit, des complicités d'arrestation et de séquestration. La cour d'assises a estimé qu'il n'était pas prouvé que Maurice Papon avait connaissance de l'extermination des juifs. En conséquence, il est acquitté pour toutes les charges de « complicité d'assassinat » et des « tentatives de complicité d'assassinat ».

Le procès Papon a été porteur de significations différentes pour les Français ; pour certains, il représentait une dernière chance de confrontation du peuple français avec son passé collaborationniste, pour d'autres il symbolisait le ravivement inutile de blessures anciennes et de facteurs de divisions. Une des questions principales du procès était de déterminer dans quelle mesure un individu doit être tenu seul responsable lorsqu'il est un maillon dans une chaîne de responsabilités. Le procureur général requiert une peine de vingt ans de réclusion criminelle, alors que la réclusion criminelle à perpétuité, réclamée par les parties civiles, était encourue. La peine finalement prononcée a été dénoncée par les avocats du condamné comme une peine de « compromis ».

Mis en liberté au début de son procès, avec l'aide d'Hubert de Beaufort, Maurice Papon s'enfuit en Suisse en octobre 1999 à la veille de l'examen de son pourvoi en cassation ; ne s'étant pas mis en état (c'est-à-dire constitué prisonnier avant l'examen de son pourvoi), il est déchu de son pourvoi. Arrêté au bout de quarante-huit heures dans un hôtel helvétique, et aussitôt expulsé du territoire en vertu de l'article 70 de la Constitution, Maurice Papon est finalement emprisonné à la prison de Fresnes, puis à celle de la Santé, dont il sort le 18 septembre 2002, après trois années de détention, sur la base d'un avis médical concluant à l'incompatibilité de son état de santé avec la détention et de la « loi Kouchner », nouvellement votée. Il est alors assigné à résidence dans sa maison familiale de Gretz-Armainvilliers en Seine-et-Marne.

Cette remise en liberté a été très critiquée. Le rapport médical décrivant Maurice Papon comme « impotent et grabataire » parut démenti spectaculairement quand l'ancien prisonnier quitta à pied la prison de la Santé. La libération de Papon a été rendue possible par la loi « Kouchner » du 4 mars 2002 qui prévoit que les prisonniers peuvent être libérés s'ils souffrent d'une maladie incurable ou si leur incarcération met en danger leur santé. Papon est le deuxième Français à bénéficier de cette loi, alors que vingt-sept octogénaires français sont entrés en prison en 2001. La libération de Maurice Papon a été approuvée par l'ancien garde des Sceaux et ancien président du Conseil constitutionnel Robert Badinter. Elle avait été aussi demandée par des personnalités aussi peu suspectes de complaisance que l'ancienne résistante Germaine Tillion, cofondatrice du réseau du musée de l'Homme.

Dans un arrêt du 12 avril 2002, le Conseil d'État, considérant que les faits pour lesquels Maurice Papon a été condamné résultent à la fois d'une faute personnelle et d'une faute de service, c'est-à-dire de l'administration, considérant notamment que l'ordonnance du 9 août 1944 relative au rétablissement de la légalité républicaine n'impliquait pas l'irresponsabilité de l'État82, a condamné l'État à payer la moitié des dommages que la Cour d'assises de la Gironde avait attribués aux parties civiles. Mais, de son côté, Papon a organisé son « insolvabilité ». Le 25 juillet 2002, sur requête de M. Papon, la Cour européenne des droits de l'homme, suivant sa jurisprudence antérieure, a jugé contraire aux principes du procès équitable l'obligation de se constituer prisonnier avant l'examen d'un pourvoi en cassation, qui faisait alors partie du code de procédure pénale. À la suite de cet arrêt, la commission de réexamen des condamnations pénales a ordonné le réexamen du pourvoi en cassation de Papon, pourvoi qui a été rejeté le 11 juin 2004 par l'assemblée plénière de la Cour de cassation.

Par un arrêt du 4 juillet 2003, le Conseil d'État a annulé la suspension du versement de la pension de retraite de Papon : la suspension avait été décidée en application d'une disposition concernant la condamnation à une peine afflictive ou infamante, alors que cette catégorie de peines ne figure plus dans le nouveau code pénal. Par un arrêt du même jour, il s'est déclaré incompétent pour examiner la requête visant à obtenir le versement de sa pension d'ancien député, dont le versement avait été suspendu pour la même raison que sa pension d'ancien préfet.

Maurice Papon a eu de nouveau affaire à la justice en 2004-2005, pour avoir arboré illégalement la Légion d'honneur en public, alors que ses décorations lui avaient été retirées à la suite de sa condamnation. Il est condamné le 2 mars 2005 à 2 500 euros d'amende. Après sa libération pour raison de santé le 4 septembre 2002, Maurice Papon vend la maison familiale qu'il possède à Gretz-Armainvilliers et s'installe dans un petit pavillon moderne au 44 de la rue Arthur Papon (du nom de son père, maire de 1919 à 1937), où il est assigné à résidence. Hospitalisé le 8 février 2007 à La Francilienne, clinique de Pontault-Combault en Seine-et-Marne, à la suite de problèmes cardiaques et pour une intervention sur son pacemaker, il y meurt le 17 février 2007 à l'âge de quatre-vingt-seize ans. Sa mort a suscité peu de réactions spontanées des milieux politiques et associatifs.

L'avocat de Maurice Papon, Francis Vuillemin, a déclaré que son client serait enterré avec la légion d'honneur, affirmant dans un communiqué : « Je veillerai personnellement à ce que l'accompagne dans son tombeau la croix de Commandeur de la Légion d'honneur que Charles de Gaulle lui a remise de ses propres mains, pour l'éternité. » « Le délit de port illégal de décoration ne se conçoit que dans un lieu public. Le cercueil est le lieu le plus privé qui puisse être et un cadavre n'est plus un sujet de droit, il n'y a donc pas d'infraction », a déclaré l'avocat à Reuters. Finalement le défunt a été enterré avec sa légion d'honneur, les autorités ayant décidé de ne pas intervenir pour la retirer, à l'image de la déclaration de Michèle Alliot-Marie : « La République a fait ce qu'elle devait faire, il y a eu procès, il y a eu décision de justice, à la suite de la décision de justice la République a décidé de retirer la croix de commandeur de la légion d'honneur à Maurice Papon, il n'est plus commandeur de la légion d'honneur, c'est tout. Ensuite ouvrir les cercueils, c'est quelque chose qui me déplaît ».

Juridiquement, le fait de placer la légion d'honneur sur un cadavre n'est pas condamnable ; premièrement parce que seule une personne vivante peut commettre un délit de port illégal de décoration, alors qu'il n'est pas illégal d'en poser une sur un objet. Ensuite, parce que le port n'est pas public puisque masqué par le cercueil. Le fait que le placement de la légion d'honneur dans le cercueil ait été accepté ne contredit donc pas l'exclusion de l'ordre. Mais même si juridiquement il est impossible d'interdire ce port, plusieurs représentants de la classe politique ont indiqué qu'ils voyaient là une provocation. Son enterrement a été célébré conformément au rite de l'Église catholique par le père Michel Lelong, un prêtre connu pour son dialogue avec l'islam. Une quarantaine de personnes, autant de journalistes et de policiers, ont assisté à l'oraison funèbre. Maurice Papon a été inhumé le 21 février 2007 dans le cimetière de Gretz-Armainvilliers aux côtés de ses parents et de sa femme, Paulette, née Asso, morte en mars 1998, deux jours avant la fin du procès et mère d'Aline Vigne, la mère de Patricia Vigne, Alain Papon et Muriel Tatischeff mariée à Alexis Tatischeff.