Fillon François

François Fillon (4 mars 1954, Le Mans, Sarthe) est un homme politique français. Membre du RPR puis de l'UMP, François Fillon occupe plusieurs mandats et fonctions politiques à partir de 1981 : député, maire de Sablé-sur-Sarthe, président du conseil général de la Sarthe, ministre des gouvernements Édouard Balladur et Alain Juppé, président du conseil régional des Pays-de-la-Loire, sénateur.

Pendant le second mandat présidentiel de Jacques Chirac, il est ministre des Affaires sociales, du Travail et de la Solidarité de 2002 à 2004, et mène des réformes sur la durée du travail et sur les retraites. Ministre de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche entre 2004 et 2005, il fait voter la loi Fillon pour l'éducation. Il participe ensuite à l'élaboration du programme de Nicolas Sarkozy pour la campagne présidentielle de 2007, puis joue le rôle de conseiller et de partenaire du candidat. À la suite de la victoire de Nicolas Sarkozy, François Fillon est nommé Premier ministre le 17 mai 2007 et forme son premier gouvernement. Il est reconduit le 18 juin suivant, après la suite de la victoire de la droite aux élections législatives : son deuxième gouvernement est, en durée, le deuxième gouvernement le plus long de la Ve République, après celui de Lionel Jospin. Il forme son troisième gouvernement le 14 novembre 2010.

François Fillon est le fils de l'historienne basque Anne Soulet et de Michel Fillon, notaire originaire de Vendée (les Essarts) et des Deux-Sèvres (Secondigny). Aîné de quatre enfants, François Fillon grandit, avec ses trois frères, Pierre, Arnaud et Dominique, dans la petite ville de Cérans-Foulletourte, dans la Sarthe, où il fréquente l'école communale. Il étudie ensuite au collège privé de Saint Michel des Perrais à Parigné-le-Pôlin d'où il est exclu provisoirement pour avoir jeté une ampoule lacrymogène en plein cours. Il est inscrit ensuite au lycée Notre-Dame de Sainte-Croix au Mans d’où il est exclu pendant quelques jours pour indiscipline (pour avoir mené un rassemblement d'élèves demandant la démission d'une professeur d'anglais qu'il jugeait incompétente) avant d'être réintégré. Attiré par l'action, passionné de randonnée en montagne et d’alpinisme, il s'engage chez les scouts et à l'âge de 17 ans, demande et obtient la direction d'une équipe.

Il obtient en 1972 un baccalauréat de philosophie. Il envisage à l'époque de devenir journaliste et effectue pendant deux ans des stages d'été à l’AFP. Son premier stage de trois mois est effectué auprès de l'agence AFP d’Espagne où, entre autres, il rédige une note biographique sur le général Franco et une note consacrée au déraillement du train « El Cuervo » à l'origine de la mort de 76 personnes en juillet 1972 ; il interviewe Danielle Darrieux à Madrid, et couvre les courses de tauromachie. En 1973, il effectue un nouveau stage d’été à l’agence AFP de Bruxelles. Il poursuit des études supérieures à l’Université du Maine au Mans, où il est l'élève de Christian Philip. Il y obtient une maîtrise de droit public en 1976. L'année suivante il obtient un diplôme d'études approfondies (DEA) en droit public de l’Université Paris Descartes. En 1974, admirateur du général de Gaulle, qui représente pour lui le symbole d'une France forte et indépendante, il commence à affirmer ses convictions politiques. Ses parents sont d'ailleurs d'anciens militants de l'UDR. En 1976, il entre dans la vie politique comme assistant parlementaire de Joël Le Theule, député de la Sarthe. Il dirige la campagne électorale de ce dernier avec succès lors des élections législatives de 1978. En 1977, il adhère au Rassemblement pour la République (RPR) fondé par Jacques Chirac.

En 1979, il effectue son service militaire. Il se marie le 28 juin 1980 avec la Galloise Penelope Kathryn Clarke, née en 1956 à Llanover, près d'Abergavenny, fille de George Clarke, avocat, et Gladys Clarke. Ils s'étaient rencontrés dans les années 1970 au lycée de Sablé-sur-Sarthe. Ils ont cinq enfants : Marie (1982), Charles (1984), Antoine (1985), Édouard (1989) et Arnaud (2001). Le 14 décembre 1980, François Fillon est témoin du décès de Joël Le Theule. Celui-ci, victime d'un malaise cardiaque, avait demandé à Fillon, son collaborateur le plus proche, de le conduire à l'hôpital. Arrivé aux urgences, Le Theule est descendu du véhicule automobile et perd connaissance quasiment dans les bras de François Fillon, rendant son dernier souffle. Les médecins tentent pendant trois heures de réanimer Joël Le Theule à la demande insistante de François Fillon qui perd alors son mentor en politique. Le 17 avril 1981, en plein week-end de Pâques, Arnaud Fillon, 18 ans, le plus jeune des frères de François Fillon, trouve la mort dans un accident de voiture. L’évènement, qui survient moins de six mois après la mort de Le Theule, est traumatisant pour François Fillon, qui expliquera ne plus se souvenir de rien de ce jour-là.

Passionné par la course automobile, François Fillon participe, en 2003, aux 24 Heures du Mans Classic avec Henri Pescarolo, sur Ferrari 250 GTO. Il est même membre du comité de direction des 24 Heures du Mans et de l'Automobile Club de l'Ouest. Lecteur de Chateaubriand, il apprécie, par ailleurs, la course à pied, le cyclisme, la tauromachie et l'alpinisme. C'est sous la pression des amis de Joël Le Theule et en vertu des préférences affirmées par ce dernier que François Fillon va progressivement reprendre les mandats de son ancien mentor. Il est d'abord élu conseiller général de la Sarthe, dans le canton de Sablé-sur-Sarthe en février 1981 avec 76 % des voix. En juin 1981, il est élu député de la 4e circonscription de la Sarthe dès le premier tour, avec 50,14 % des voix, et reprend ainsi le siège de député de Joël Le Theule. À 27 ans, il est alors le benjamin de l'Assemblée nationale. François Fillon se rapproche de Philippe Séguin, autre jeune député de droite élu en pleine vague socialiste. Ils font alors partie du « Cercle », une association de jeunes députés libéraux ou partisans d'un « gaullisme social » prônant la rénovation de la vie politique et dans laquelle on retrouve également François d'Aubert, Charles Millon et Michel Noir. Philippe Séguin devient son nouveau mentor en politique, d'autant plus que les relations de François Fillon avec Jacques Chirac, président du RPR, sont médiocres.

François Fillon devient alors un expert des questions relatives à la défense nationale au sein de l’Assemblée nationale et, dès cette époque, se fait le partisan d'une armée de métier, aborde le problème du vieillissement des Mirage IV, les avantages de la bombe à neutrons… Lors des élections municipales de 1983, François Fillon est élu maire de Sablé-sur-Sarthe dès le premier tour, avec 68,05 % des voix. Il dirige la liste RPR dans la Sarthe lors de des élections législatives au scrutin proportionnel du 16 mars 1986, et est ainsi réélu député ; il devient président de la Commission de la Défense jusqu'à la fin de la législature. En juin 1988, il est réélu député dès le premier tour alors qu'un mois plus tôt, lors de l'élection présidentielle, sa circonscription avait voté François Mitterrand à 58 %. Il fait alors partie de l'aventure des rénovateurs de la droite aux côtés de Philippe Séguin, Michel Noir, Charles Millon, philippe de villiers, Bernard Bosson, Michel Barnier, Alain Carignon, François Bayrou, Étienne Pinte et Dominique Baudis. En 1990, l'aventure sans lendemain des rénovateurs lui coûte sa place au bureau national du RPR. Lors du congrès du mouvement gaulliste durant l’hiver 1990, il suit Philippe Séguin dans son alliance avec Charles Pasqua visant à contester la présidence du RPR à Jacques Chirac et le secrétariat général à Alain Juppé. Quand Pasqua fonde l'association Demain la France, Fillon fait partie du comité d'orientation. Le but de l'alliance est alors de rénover le gaullisme. Lors du congrès du RPR, la liste Pasqua-Séguin remporte 30 % des suffrages contre 70 % à la liste Chirac-Juppé. L’échec est relatif car personne ne pensait que la liste de Jacques Chirac serait battue, et le score réalisé par la liste Pasqua-Séguin dépasse les attentes de leurs promoteurs.

En avril 1992, François Fillon est élu président du conseil général de la Sarthe par 16 voix contre 14 à Roland du Luart. Il succède alors à Michel d'Aillières, président du département pendant 19 ans. À 38 ans, il est alors l'un des plus jeunes présidents de conseil général de France et se retrouve à gérer 750 personnes et un budget de 2 milliards de francs. Durant l’été 1992, il mène campagne aux côtés de Philippe Séguin contre la ratification du traité de Maastricht. À l'Assemblée nationale, il déclare vouloir « l’Europe, mais debout ». Il dénonce notamment l’établissement d'une monnaie unique avant l’attribution d'institutions politiques à l’Europe ainsi que l'absence de politique économique et sociale. La victoire étriquée du « oui » au référendum sur le traité de Maastricht (51,05 %) sonne comme une demi-victoire pour François Fillon et Philippe Séguin. Lors des élections législatives de 1993, il est réélu dès le premier tour avec 58,58 % des voix. C'est grâce à Philippe Séguin que Fillon entre au gouvernement Édouard Balladur où il devient ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Il plaide à cette fonction en faveur de l'autonomie des universités et souhaite séparer la formation des professeurs des écoles de celle des professeurs du secondaire. Finalement, sa loi sur les universités est censurée par le Conseil constitutionnel et sa réforme de la filière technologique est retirée.

En 1995, contrairement à Séguin qui choisit de soutenir Jacques Chirac, Fillon prend position en faveur d’Édouard Balladur lors de l'élection présidentielle. En dépit de l'échec de Balladur et de la victoire de Chirac, il est avec Michel Barnier et François Bayrou l'un des rares balladuriens dans le premier gouvernement d'Alain Juppé en 1995 sous la présidence de Jacques Chirac. François Fillon devient le nouveau ministre des Technologies de l'information et de la Poste puis en novembre 1995, ministre délégué à la Poste, aux Télécommunications et à l'Espace. Il est alors chargé de la modernisation de France Télécom, notamment de la gestion de la fin de son monopole et de la transformation du statut de cette entreprise publique. Bien que conspué par la gauche, il fait voter la fin du monopole de France Télécom et le principe d'ouverture de son capital. Celui-ci sera d'ailleurs réalisé par son successeur socialiste après la dissolution par Jacques Chirac de l'assemblée nationale en juin 1997.

En 1996, il propose un amendement à la loi de réglementation des télécoms (dit "amendement Fillon") visant notamment à rendre les fournisseurs d’accès pénalement responsables des contenus des services ayant fait l’objet d’un avis défavorable du Comité supérieur de la télématique (émanation du CSA) et donc à censurer de façon indirecte Internet. Cet amendement a été censuré par le conseil constitutionnel le 23 juillet 1996 suite à un recours déposé par le parti socialiste rédigé par l'avocate Valérie Sédallian. François Fillon est réélu député en juin 1997 au deuxième tour, face à Stéphane Le Foll, avec 52,7 % des suffrages exprimés. Philippe Séguin décide alors de s’emparer de la présidence du RPR et se rapproche de Nicolas Sarkozy pour contrer Alain Juppé. En juillet 1997, Séguin est élu président du RPR avec 78 % des voix et Sarkozy devient secrétaire général. François Fillon fait partie de la garde rapprochée de Séguin et devient secrétaire national du RPR, chargé des fédérations puis porte-parole de la commission exécutive. En 1998, Fillon est élu président du conseil régional des Pays de la Loire. Il met alors tout son poids politique pour empêcher les alliances entre certains élus de droite avec le Front National dans les régions ou aucune majorité claire ne s’est dégagée.

En 1999, quand Séguin démissionne soudainement de la présidence du RPR peu de temps avant les élections européennes, Fillon soutient et seconde Nicolas Sarkozy, président par intérim, aux côtés de Roger Karoutchi, un autre séguiniste. L'échec de la liste RPR/DL aux élections européennes, arrivée derrière celle menée par Charles Pasqua et philippe de villiers, conduit le RPR à se réorganiser. Les 50 000 militants du mouvement gaulliste sont alors appelés pour la première fois à élire leur président. Bien qu'ayant d'abord apporté son soutien à Nicolas Sarkozy encore hésitant sur l’idée de concourir au poste, François Fillon décide finalement de se présenter à la présidence du parti. Sarkozy renonce finalement et Fillon se retrouve alors face à Jean-Paul Delevoye, Michèle Alliot-Marie et Patrick Devedjian. En réalisant le score honorable de 25 % des suffrages exprimés, Fillon est éliminé du second tour. Il apporte son soutien à Alliot-Marie qui est élue présidente du RPR. Il reste conseiller politique du RPR jusqu'en mars 2001.

À partir de 2000, grâce à Jérôme Monod, Fillon se rapproche de Jacques Chirac avec qui les rapports avaient toujours été froids et tendus comme ceux que Chirac avait entretenu avec Joël Le Theule. Sur le plan local, pour cause de cumul des mandats, Fillon ne se représente pas aux élections municipales à Sablé en mars 2001. Il laisse à son successeur UMP, Pierre Touchard, une ville où le taux de chômage est inférieur à 4 %, des quartiers rénovés, plus de 40 % de logements sociaux, une gare TGV reliant la petite ville à Paris et une centaine d'entreprises spécialisées principalement dans l’agro-alimentaire, l’électronique, la métallurgie et la transformation de plastique. Il garde un ancrage local en devenant président de la communauté de communes de Sablé. En tant que président du conseil régional des Pays-de-la-Loire, il soutient tout particulièrement une plus grande coopération avec son homologue breton Josselin de Rohan (entamée en 1990 par leurs prédécesseurs respectifs, Olivier Guichard et Yvon Bourges).

Il milite ainsi pour la constitution d'un « Grand Ouest » réunissant les deux régions plutôt que le rattachement de la Loire-Atlantique à la Bretagne. Dès juin 1999, les deux conseils régionaux sont réunis en une assemblée plénière à Rennes, tandis que les deux collectivités défendent ensemble des projets touchant le développement de leurs territoires respectifs, tels que la mise en place d'un « Pôle agro ouest » (structure de recherche commune dans le domaine de l'agroalimentaire), le lancement de programmes d'installation de réseaux de communication à haut débit, le choix de Saint-Nazaire comme l'un des sites d'assemblage du futur avion Airbus A3XX (devenu l'A380) ou encore le rapprochement des candidatures jusque là concurrentes pour le projet de LGV Ouest qui donne naissance à l'objectif commun d'une LGV Bretagne-Pays de la Loire.

Au niveau national, aux côtés de Philippe Douste-Blazy, Alain Juppé et Nicolas Sarkozy, Fillon participe à la mise au point du programme électoral du président de la République pour la campagne présidentielle de 2002. Pour la première fois, le député de la Sarthe lui apporte son soutien politique dès le premier tour d’une campagne présidentielle. Contre l’avis d’Alliot-Marie, du président de Démocratie libérale alain madelin, et du président de l’UDF François Bayrou, Fillon se fait alors le chantre auprès de Jacques Chirac d'un grand parti unique présidentiel dont les prémices sont Alternance 2002 puis l’Union En Mouvement (UEM). Il rédige le discours de politique générale de Jacques Chirac pour la première convention de l’UEM dans lequel il prône la modernisation sociale de la France et la rupture. De septembre 2001 à mai 2002, Fillon effectue 76 déplacements en tant qu’animateur de la campagne de Jacques Chirac et s’appuie sur France.9 (France Point 9), un club de réflexion rassemblant le courant républicain (ex-séguiniste) travaillant sur des thèmes comme la bonne gouvernance et l’avenir de la France.

Au début de l'année 2002, François Fillon devient l'un des premiers ministrables aux côtés de Jean-Pierre Raffarin et Nicolas Sarkozy. Après le premier tour de l'élection présidentielle et la qualification de Jacques Chirac face à Jean-Marie Le Pen le 21 avril 2002, l'UEM est transformé en Union pour la majorité présidentielle (UMP). La réélection de Jacques Chirac acquise le 5 mai 2002, c'est Jean-Pierre Raffarin qui est nommé Premier ministre dès le lendemain. Après avoir été proposé pour le poste de ministre des finances au sein du deuxième gouvernement Raffarin, c'est finalement celui des Affaires sociales, du Travail et de la Solidarité qui échoit à François Fillon sur recommandation notamment de Nicole Notat, ancienne patronne de la CFDT et de Jérôme Monod. Bien que déçu, il relève le défi qui consiste à assouplir la loi sur les 35 heures, revenir partiellement sur la loi de modernisation sociale de 2002 et à réformer les retraites dont le régime général est déficitaire. Il devient également le numéro 3 du gouvernement Raffarin juste derrière Nicolas Sarkozy, ministre de l'intérieur. Il est par contre obligé de laisser sa place de président de conseil régional à Jean-Luc Harousseau, son premier vice-président. Il est également réélu député (dorénavant UMP) en juin 2002, dès le premier tour avec 55,21 % des voix avant de laisser son siège à son suppléant de 34 ans, Marc Joulaud.

Il mène alors la principale réforme de ce gouvernement : celle des retraites, par la loi Fillon (ou réforme Fillon), qu'il conduit jusqu'au bout, malgré le mécontentement d'une partie de l'opinion publique française. Il conduit également un assouplissement des 35 heures (en modifiant le calcul des heures supplémentaires). Selon La Tribune, il gagne des « galons d'homme d'écoute et de dialogue, une bonne connaissance des dossiers et l'estime des organisations syndicales ». Il mène également de front plusieurs réformes comme celles concernant les contrats jeune en entreprises pour les 16-22 ans sans qualification (en procédant à l'exonération des cotisations sociales pendant deux ans) ou l’harmonisation des 6 SMIC existants (dont le niveau est relevé pour 2/3 des bénéficiaires). Ces réformes passent sans encombres et la presse parle de la « méthode Fillon ». Le dialogue avec les leaders syndicaux se passe bien, notamment avec François Chérèque (CFDT) mais aussi Bernard Thibault (CGT) bien que les marges de manœuvre de ce dernier soient plus étroites. De nouveau premier-ministrable, François Fillon passe, du point de vue notamment méthodologique et pour sa discrétion, pour l’anti-Sarkozy au sein du gouvernement.

Les grandes réformes sur les retraites de François Fillon ont lieu en 2003. Il passe deux ans à étudier les systèmes étrangers, notamment en compagnie de François Chérèque et de plusieurs responsables syndicaux, et multiplie les rencontres avec les associations et les experts concernés. Sa méthode est qualifiée de trop lente et trop timorée par ses adversaires au sein de l’UMP. Parallèlement, il annonce plusieurs initiatives comme le contrat initiative emploi, la création du Revenu minimum d'activité (RMA), le contrat d'insertion dans la vie sociale et un train de mesures pour favoriser l'emploi des plus de 45 ans.

En 2003, il annonce la Loi Fillon pour réformer les retraites, consistant à repousser l’âge de départ à la retraite, augmenter les cotisations et favoriser l'épargne individuelle. Comme attendu, elles sont mal acceptées par les fonctionnaires qui manifestent en masse le 13 mai 2003. Fillon reprend les négociations. Partisan d'une ligne sans concession, il doit à contrecœur lâcher du lest sur la gestion des longues carrières à l’initiative de Jean-Pierre Raffarin afin de parvenir à un accord avec 5 des 8 syndicats, dont la CFDT, le 15 mai. La CGT et FO, majoritaires dans la fonction publique et hostiles à l’accord tentent des actions pour contrer l'harmonisation entre le secteur public et le secteur privé. Le 25 mai, une manifestation de grande envergure, composée notamment d'enseignants et de cheminots défile à Paris. Le soir même, Fillon déclare à la télévision qu’il ne rouvrira pas les discussions. La réforme reste incomplète cependant à son grand dam car l'inégalité demeure avec les régimes spéciaux de retraite mais son projet de loi est adopté le 24 juillet 2003 par le Parlement après avoir fait l’objet du deuxième plus long débat parlementaire (19 jours, 155 h. de discussions) après celui sur la presse en 1983. Dorénavant, pour bénéficier d'une retraite à taux plein, la loi prévoit l'allongement à 40 années d'activités pour tout le monde en 2008, 41 ans en 2012 et 42 ans en 2020.

La crise de la canicule européenne de 2003 occulte le succès de sa réforme. Il prend en charge le problème dès le 12 août avec Hubert Falco, son secrétaire d'état aux personnes âgées, et est le premier membre du gouvernement à reconnaître les dysfonctionnements de l’État, ce qui lui attire de sévères critiques de Jean-Pierre Raffarin à la recherche d'un bouc émissaire. Les médias finalement ne s'en prennent pas à Fillon, mais à Raffarin lui-même et au ministre de la Santé, Jean-François Mattéi. Il apporte un soutien réservé au projet du Premier ministre consistant à rendre travaillé un jour férié et les difficultés de communication s'enchaînent alors avec Jean-Pierre Raffarin. Celui-ci voit d'ailleurs en Fillon un concurrent ambitieux qui cherche à reprendre son poste, d'autant plus que le président Chirac pousse Fillon à répondre aux « provocations » de Nicolas Sarkozy. Alors que Nicolas Sarkozy propose d'instituer la discrimination positive, Fillon s'y oppose en déclarant qu'elle est « techniquement, juridiquement et politiquement inconcevable ». Il se déclare aussi choqué de la précocité avec laquelle, moins de deux ans après une élection présidentielle, Nicolas Sarkozy a fait savoir qu'il était intéressé à reprendre le poste.

François Fillon déclare plus tard avoir été instrumentalisé par Jacques Chirac lorsqu'il se rend compte, à la fin de l'année 2003, que son train de réformes est gelé et que, notamment, sa réforme de l'ANPE et de l'UNEDIC, qu'il estime fondamentale, est refusée par le président de la République. Il refuse alors de poursuivre l’acharnement contre Nicolas Sarkozy quand celui-ci se présente pour succéder à Alain Juppé à la présidence de l'UMP. Son revirement est quasi-officiel quand il récuse le « tout sauf Sarkozy » dans une interview au journal Le Parisien le 12 février 2004 et reconnaît la légitimité de ce dernier à être candidat à l'élection présidentielle. Ce rapprochement avec Sarkozy, que Fillon justifie par la nécessité de conclure des alliances pour progresser, lui vaut alors l'hostilité des chiraquiens en général et de Jean-Pierre Raffarin, potentiel candidat à la présidence de l'UMP, et de Jérôme Monod en particulier. Fillon impose néanmoins ses conditions à Nicolas Sarkozy pour officialiser cette alliance et relance son association France.9. Il exige du candidat à la présidence de l'UMP que ce dernier accepte en son sein l'existence de différences mouvances politiques. Au final, Fillon est intégré dans la nouvelle équipe dirigeante proposée par Nicolas Sarkozy pour prendre en charge le projet de réforme des statuts de l’UMP et il participe à leur premier meeting commun à Bourges le 7 octobre 2004. Le 28 novembre 2004, Nicolas Sarkozy est élu président de l'UMP par 85,1 % des militants et François Fillon devient conseiller politique de l’UMP. Désormais, il est ignoré par Jean-Pierre Raffarin lors de ses interventions publiques. La discorde entre les deux hommes ne faiblira pas alors que Jacques Chirac se montre plus conciliant du fait de la fidélité réaffirmée de Fillon envers ce dernier.

C'est aussi durant l'année 2004 que François Fillon connaît son premier échec électoral en 23 ans de carrière. Le ministre des Affaires sociales est la tête de liste UMP en Pays de Loire lors des élections régionales de mars 2004. La région, qui fut dirigée par le gaulliste Olivier Guichard durant 18 ans, est un bastion historique de la droite, comprenant notamment la Vendée de philippe de villiers. François Fillon, qui avait dû céder la présidence de la région à un fidèle en 2002, était resté néanmoins très présent. En 2003, il avait lancé le pôle santé Sarthe et Loir au Bailleul pour favoriser la venue de spécialistes de toutes disciplines pour que les habitants soient mieux pris en charge sur le plan médical. Dans un contexte général maussade pour la droite, la région Pays de Loire est ainsi considérée comme imprenable par la gauche d'autant plus que Fillon noue adroitement ses alliances avec philippe de villiers (MPF) en Vendée, avec Jean Arthuis (UDF) en Mayenne et Roselyne Bachelot en Maine-et-Loire.

Au soir du premier tour, le 21 mars 2004, la liste conduite par François Fillon arrive en ballotage favorable face à la liste de gauche conduite par Jacques Auxiette alors qu'au plan national, le résultat ressemble à une déroute pour la droite y compris dans ses bastions autrefois traditionnels comme l’Île-de-France, la région Provence-Alpes-Côte d'Azur ou la région Auvergne. Seules l’Alsace et les Pays de Loire semblent assurés de rester à droite alors que la Lorraine, la Basse-Normandie et la région Champagne-Ardenne semblent difficilement pouvoir être sauvées. Les sondages et les calculs restent tellement favorables à Fillon que son adversaire socialiste, Jacques Auxiette, reconnaît ne pas croire au basculement à gauche de la région. Pourtant, le 28 mars 2004, la région Pays de la Loire bascule à gauche par 52,35 % des voix contre 47,65 % à la liste de la majorité. Le choc est d'autant plus rude pour François Fillon que c'est son département, la Sarthe, qui provoque son échec (la Vendée, la Mayenne et le Maine et Loire ont voté majoritairement pour sa liste alors que dans la Sarthe il ne recueille que 46,30 % des suffrages). Pire, pour lui, les résultats des élections cantonales dans le département de la Sarthe sont aussi favorables à la gauche (même si le département conserve sa majorité de droite). Enfin, affront final, sa propre circonscription vote pour son adversaire socialiste.

Le 28 mars au soir, sur la chaîne de télévision TF1, il annonce lui-même sa défaite alors que les résultats ne sont pas définitifs. Les mots qu'il prononce sont très forts. Il parle de « 21 avril à l'envers », formule qui lui est ensuite reprochée par Jacques Chirac et les chiraquiens, et précise également que l'« on ne peut pas réformer sans avoir le soutien du peuple ». Lors d'une conférence de presse dans la soirée, commentant les résultats nationaux, il dit espérer que « le président de la république en tirera les enseignements ». Au niveau national, seules l’Alsace et la Corse restent à droite. Cette défaite marque un coup d'arrêt aux ambitions politiques de François Fillon et le retire de la liste des premiers ministrables. Cependant, selon son analyse, le « 21 avril à l'envers » n'est pas un rejet de la politique sociale du gouvernement mais une impatience face aux changements trop lents à se mettre en place. Mais ce constat n'est pas celui de Jacques Chirac.

Le 1er avril 2004, François Fillon fait partie du gouvernement remanié de Jean-Pierre Raffarin. Alors que Nicolas Sarkozy est nommé aux Finances, François Fillon est nommé ministre de l’Éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche. Il se déclare déçu par ce transfert car il espérait, depuis toujours, le portefeuille de la Défense. Encore numéro 3 du gouvernement, il en sera le numéro 2 après le départ de Nicolas Sarkozy en novembre 2004. Par ailleurs, le 26 septembre 2004, il est élu au Sénat mais laisse son siège à son suppléant Jean-Pierre Chauveau. Obéissant aux souhaits présidentiels, Fillon met un terme à certains dossiers chauds dont il hérite comme la réforme de la recherche en cédant aux revendications des syndicats. Il décide d'orienter son action autour de 3 priorités : l'apprentissage des fondamentaux en primaire, la lutte contre l'échec scolaire et la réussite des élèves en zones défavorisées. Il lui revient aussi de rédiger une énième et dernière version de la circulaire sur les signes religieux à l'école. Sa prudence voire sa transparence lui est encore reproché alors que le Premier ministre le considère comme « le maillon faible du gouvernement ». À la rentrée scolaire de 2004, il peut néanmoins se féliciter du respect de la circulaire sur le voile islamique et du succès rencontré par son projet d'acquisition d'ordinateurs à un euro par jour par les étudiants.

Son grand projet pour l'école est présenté le 18 novembre 2004. Il déclenche une vague de mécontentement social. Ce projet prévoit l'enseignement d'une langue vivante dès le CE2, un nouveau baccalauréat combinant contrôle continu et un nombre d'épreuves finales ramenées de 12 à 6, la suppression des travaux personnels encadrés, un brevet obligatoire pour les classes de troisième et la réhabilitation du redoublement. C'est la refonte du bac qui cristallise les mécontentements. Le texte est très vite édulcoré sous la pression de l’Élysée et le projet de la Loi Fillon est présenté le 12 janvier 2005. Il est critiqué par le conseil supérieur de l'éducation, et les manifestations se multiplient contre la réforme du bac à laquelle s'agglutinent d'autres revendications comme celles sur le pouvoir d'achat. Les lycéens se joignent aux professeurs alors que de nombreux amendements sont entérinés. Celui-ci est seul en première ligne et le seul soutien qu'il reçoit publiquement est celui de Nicolas Sarkozy, président de l’UMP, avant que Jacques Chirac ne le soutienne concrètement. Ce dernier conseille néanmoins à son ministre de lâcher du lest. Le 10 février 2004, plus de 100 000 lycéens défilent dans les rues contre la réforme du bac. Le soir même, Fillon annonce la suspension de celle-ci pour sauver le reste de son projet. Pourtant, les manifestations continuent en exigeant le retrait total de toute la réforme Fillon. La loi est finalement votée, puis Fillon annonce qu’il ne rouvrira pas le débat. En avril, face aux casseurs et aux blocages de lycées de plus en plus nombreux, il envoie les CRS dans les établissements scolaires et déclare « À chaque blocage de lycée, il y aura déblocage ». Le mouvement perd rapidement alors en intensité, assurant la réussite de François Fillon. Le 22 avril 2005, le conseil constitutionnel censure deux articles clés de sa loi pour des problèmes de forme, celui définissant les missions de l'école et celui approuvant les orientations et objectifs. Les deux articles sont par la suite entérinés sous forme de décrets.

Une fois l'épreuve de sa réforme passée, François Fillon participe à la campagne référendaire sur le Traité constitutionnel européen qu'il approuve parce que, selon lui, il vient combler les lacunes du Traité de Maastricht. Cependant, le 29 mai 2005, le « non » l'emporte par 54,67 % des suffrages. La Sarthe de François Fillon a également voté « non » à 57 %. Après le « non », Jean-Pierre Raffarin démissionne de son poste de Premier ministre le 30 mai. Le chef de l'État choisit Dominique de Villepin pour succéder à Raffarin et demande à Nicolas Sarkozy de revenir au gouvernement, tout en restant président de l'UMP. Le 1er juin, le nouveau Premier ministre consulte pour constituer son équipe gouvernementale. François Fillon n'est pas contacté ni invité à se rendre à Matignon. Pour lui, la mise à l'écart du numéro 2 du gouvernement sortant par l'Élysée et Matignon n'est rien de moins qu’un affront. C’est par un coup de téléphone de Jacques Chirac qu'il apprend qu'« il n'y a pas de place » pour lui au gouvernement. La formule employée est ressentie comme une humiliation pour le ministre et un désaveu explicite. C'est alors, que peu de temps après, il déclare à un journaliste du Monde qu'il est le seul à avoir mené neuf réformes législatives (dont les réformes portant sur le RMI, les retraites ou les 35 heures) et que lorsque le bilan du mandat de Chirac sera fait, « on ne se souviendra de rien, sauf de [ses] réformes », propos qu'il nuancera plus tard comme celui d'« un accès de colère et de vanité ». Il avait auparavant déclaré : « Il y a ceux qui se font mousser devant les caméras tous les soirs, et puis il y a ceux qui font les réformes dont on parlera encore dans vingt ans. »

Il prévient dès lors qu'il va « s'investir à fond dans l'UMP, préparer les échéances futures pour Nicolas Sarkozy en 2007 » et qu'en le refusant dans le nouveau gouvernement, on a fait de lui « un directeur de campagne avant l'heure ». Les propos de Fillon font mouche dans la classe politique peu habituée à ces emportements de quelqu'un perçu comme « gentil », pondéré, voire en retrait. C'est le discours de la rupture définitive avec Jacques Chirac. Une entrevue houleuse a lieu avec Dominique de Villepin. Fillon conteste plus la forme que le fond de son éviction. Il se sent injustement puni, bouc émissaire des manifestations massives contre ses réformes des retraite et de l’école mais aussi pour son rapprochement politique avec Nicolas Sarkozy. Il retourne alors sur ses terres à Sablé et se fait élire de nouveau sénateur le 18 septembre 2005. Conseiller politique du président de l'UMP, il se réfugie aussi un temps dans l’écriture et publie ses réflexions et ses idées dans un ouvrage intitulé La France peut supporter la vérité à l'automne 2006. La phrase « La France peut supporter la vérité » (reprise de Pierre Mendès France) devient son mot d’ordre et sa ligne politique : « dire la vérité aux Français ». En avril 2006, il dit : « Plus il y a d'impôts, moins il y a d'emplois. » Il est souvent qualifié de « gaulliste social ».

Parallèlement, il participe durant 2 ans à la mise au point du programme de l’UMP en vue de l'élection présidentielle de 2007, participant à de nombreuses conventions thématiques. Aux côtés notamment d’Emmanuelle Mignon, il va travailler sur le programme de l’UMP qui sera présenté lors de l'élection présidentielle. Sur les deux cents propositions émises par les groupes de réflexion qu’il coordonne, trente d'entre elles sont retenues et constituent la colonne vertébrale du projet de l’UMP. Bien qu’il n'apparaisse pas dans l’organigramme officiel de campagne de Nicolas Sarkozy, Fillon devient l’un de ses collaborateurs principaux aux côtés de Claude Guéant, le directeur de la campagne présidentielle, et de David Martinon, le chef de cabinet du candidat à la présidence de la République française. En septembre 2006, sans consulter Nicolas Sarkozy, François Fillon commence à s’impliquer concrètement dans les médias et annonce qu’en cas de victoire de ce dernier, les régimes spéciaux de retraites seront réformés dès le début de la législature. Si ces propos provoquent un tollé dans la classe politique et chez les syndicats, ils sont approuvés par Nicolas Sarkozy et par l'opinion publique. En 2007, il déclare : « La division est toujours nuisible. »

Le 6 mai 2007, le candidat UMP Nicolas Sarkozy est élu président de la république avec 53,06 % des suffrages contre 46,94% pour la candidate PS Ségolène Royal. François Fillon est parmi les proches et intimes du nouveau président qui célèbrent le soir-même la victoire par un diner au Fouquet's. Il est plus tard encore également présent sur la scène dressée place de la Concorde devant 30 000 personnes venues célébrer la victoire. Le 17 mai 2007, un communiqué de l’Elysée où vient d'emménager le nouveau président, annonce la nomination de François Fillon au poste de Premier ministre. À 53 ans, il est le 19e Premier ministre de la Ve République. Le sondage réalisé par l'institut CSA-Cisco indique que 54 % des Français sont satisfaits de ce choix. La passation des pouvoirs avec le Premier ministre sortant Dominique de Villepin a lieu le 18 mai. Fillon organise son cabinet et nomme l'ancien préfet de Vendée et son ancien directeur de cabinet aux affaires sociales, Jean-Paul Faugère, comme directeur de cabinet à Matignon. Sa première journée est médiatiquement marquée par le jogging qu'il effectue à 12h45 avec le président de la République au bois de Boulogne marquant l'arrivée d'un style nouveau et plus décontracté à l’Élysée et à Matignon. Il déclare : « Ce sera un gouvernement libre, mais qui mettra en œuvre scrupuleusement le projet. »

Pour la formation du gouvernement, il pousse les nominations de Roselyne Bachelot, de Laurent Wauquiez et de Roger Karoutchi. Le premier gouvernement Fillon est resserré (seulement 15 ministres) et marqué par le respect de la parité au niveau des ministres (8 hommes et 7 femmes) – mais moins au niveau des secrétaires d'État. Par ailleurs, le ministère de l'Économie, des Finances et de l'Industrie (« MINEFI » ou « Bercy ») est scindé en deux, avec d'un côté le ministère de l'Économie, de l'Industrie et de l'Emploi et de l'autre le ministère du Budget, des Comptes publics et de la Fonction publique. Enfin, ce premier gouvernement est marqué par une ouverture politique vers des personnalités venues du centre (Hervé Morin, alors membre de l'UDF), du Parti socialiste (Bernard Kouchner et Eric Besson sont deux ex-membres du PS, l'un exclu après l'élection, l'autre pendant la campagne), de la gauche (Jean-Pierre Jouyet et Martin Hirsch sont historiquement « de gauche »), et de la société civile (Christine Lagarde …). Cette ouverture envers des individualités de l'opposition n'est d'ailleurs pas une première, puisque Michel Rocard, en 1988, avait tenté une opération similaire, mais uniquement avec des centristes. Le second gouvernement Fillon confirmera ces choix, mais avec une équipe élargie.

À peine 48 heures après sa nomination, François Fillon revient à Sablé où il se recueille devant la tombe de Joël Le Theule, à qui il rend hommage avant de lancer la campagne des élections législatives. Il est élu député dès le premier tour de la 4e circonscription de la Sarthe le 10 juin 2007 avec 53,40 % des voix. Il s'implique totalement dans la campagne distribuant au passage ses coups de griffe sur un ton polémique et ironique qui lui était inconnu. Ainsi, quand il évoque le style présidentiel de Jacques Chirac, il parle de celui qui ne s’exprimait que le 14 juillet. Ses mots sont plus rudes pour la gauche quand il déclare « du parti de la rose, ne reste que les épines, les luttes de clans, les règlements de compte et les couteaux tirés. Pour prétendre rassembler un pays, encore faut-il rassembler son parti ». Cependant, ses déclarations, entre les deux tours de l'élection, qui suivent celles de Jean-Louis Borloo sur l'ouverture du chantier de la TVA sociale, voire de l'augmentation de la TVA de 5 points afin de financer la protection sociale, coûtent quelques sièges de députés à l'UMP, qui obtient néanmoins 320 des 577 sièges, soit la majorité absolue.

Dès l'été 2007, les premières mesures du gouvernement semblent indiquer une diminution du rôle même de Premier ministre, Nicolas Sarkozy semblant vouloir prendre en main directement les dossiers avec les ministres, y compris médiatiquement. Les observateurs de gauche et de droite parlent assez rapidement d'« hyper-présidence ». Les proches de Fillon soulignent que cette discrétion de sa part est conforme à chacune de ses entrées en fonction. Par ailleurs, le nouveau chef du gouvernement lui-même fut durant les années 2000 partisan de la présidentialisation de la Ve république et évoquait déjà en 2000, dans le cadre d’une large réforme constitutionnelle, la suppression du poste de Premier ministre. La presse pose la question du rôle de François Fillon (« qui gouverne ? »). Ses déplacements à Bruxelles au sommet du Parti populaire européen passent inaperçus dans les médias tout comme ses rencontres avec José Manuel Durão Barroso (Président de la Commission européenne), Hans-Gert Pöttering (Président du Parlement européen) et enfin Jean-Claude Juncker (Président de l'Eurogroupe), alors que Nicolas Sarkozy monte en première ligne sur les dossiers brûlants comme celui de la restructuration d’Airbus ou la relance de la réforme constitutionnelle européenne. Fillon doit aussi supporter les déclarations intempestives des conseillers de l’Élysée comme Henri Guaino ou Claude Guéant qui n'hésitent pas à contredire des ministres. Ainsi, la veille du discours de politique générale du Premier ministre à l'Assemblée nationale le 3 juillet 2007, Claude Guéant dévoile dans une interview à La Tribune des pans entiers de la déclaration que François Fillon doit effectuer. Dans son discours, le 3 juillet, Fillon annonce notamment sa volonté de moderniser les institutions et se porte garant de la rupture sarkozienne. Il obtient la confiance de 321 députés contre 224.

Plusieurs différends surgissent durant l'été 2007 entre François Fillon et l'équipe élyséenne. Il est ainsi désavoué quand il envisage l'extension du service minimum à tous les services publics, y compris l'éducation nationale. Il renâcle publiquement quand il est qualifié de « collaborateur » par Nicolas Sarkozy lors d'un déjeuner de celui-ci avec la presse quotidienne régionale le 21 août 2007. Enfin, il contrarie le président en annonçant que la réforme des régimes spéciaux est prête et n'attend plus que le feu vert de l’Élysée[réf. nécessaire]. La pacification des relations toujours franches entre les deux hommes reprend cependant rapidement. Le 21 septembre 2007, il déclare que la France est en « état de faillite » ; Henri Guaino estimera le terme inadapté. Le 15 janvier 2008, il fait au cours de sa séance de vœux aux journalistes une allusion à la précédente conférence de presse de Nicolas Sarkozy et déclare qu’il répondra aux questions qu'il va « se poser [lui]-même ».

François Fillon a été décoré de la Grand croix de l'Ordre national du mérite par Nicolas Sarkozy, à l'issue du Conseil des ministres, le 21 novembre 2007, respectant la tradition inaugurée par VGE. Le début de l’année 2008 est surtout pour lui une période de relatif état de grâce dans l’opinion, alors qu’il dépasse pour la première fois largement Nicolas Sarkozy dans les sondages de popularité, y compris parmi l'électorat traditionnel de l'UMP. Cette situation, sans précédent dans la Ve République en début de mandat d'un Président suscite des analyses politiques diverses, y compris hors de France. Cette « avance » est conservée une partie de l'année 2008. Au printemps 2008, les relations entre Sarkozy et Fillon semblent à nouveau se tendre du fait de la constitution par l'Élysée d'un groupe des sept ministres chargés de relayer la parole présidentielle. Les 10 et 11 octobre 2009, François Fillon, son épouse Penelope et deux de ses enfants, sont reçus au Vatican, en audience privée, par le pape Benoît XVI à l'occasion de la messe de canonisation de Sainte Jeanne Jugan (1792-1879).

Lors d'un voyage au Japon, le 16 juillet 2010, alors que la France doit réduire de cinq points son déficit public en trois ans, il évoque pour la première fois une politique de « rigueur », à laquelle échappent « le budget de l'enseignement supérieur et de la recherche ». Quelques jours, alors en visite en Nouvelle-Calédonie, le Premier ministre précise qu'il s'agit d'une « politique de rigueur s'agissant de la dépense » et non pas « une politique économique de rigueur ». À l'automne 2010, alors que le ministre du Travail Éric Woerth est mis en cause dans l'affaire Bettencourt, il reprend la main sur la réforme des retraites. Par ailleurs, confirmant selon l'opposition l'existence de certaines pratiques concernant l' Affaire Woerth-Bettencourt, les services de Matignon rappellent début novembre au Ministère de l'Intérieur les principes encadrant les écoutes de journalistes, François Fillon affirmant à l'Assemblée : « L'intérêt national commande [l'action des services de renseignement] dans le strict respect des libertés publiques ». Le 30 juin 2010, le députe UMP Yannick Favennec annonce sur Twitter un remaniement pour octobre 2010. Il s'ensuit pour les observateurs une compétition inédite entre plusieurs candidats supposés au remplacement de François Fillon, en particulier Jean-Louis Borloo et Michèle Alliot-Marie. Le 3 novembre, lors d'un discours à l'hôtel Matignon, devant des chercheurs et des ingénieurs, alors que le remaniement annoncé n'a pas encore eu lieu, François Fillon vante son bilan social et fait implicitement savoir qu'il se verrait bien rester à la direction du gouvernement, en affirmant : « Je crois à la continuité de notre politique réformiste parce qu'on ne gagne rien à changer de cap au milieu de l'action et parce que le redressement de la France réclame de la durée ».

Le 13 novembre 2010 au soir, après deux entretiens dans la journée avec le Président Nicolas Sarkozy, il présente sa démission et celle de son gouvernement, que le président de la République accepte. Il est reconduit au poste de Premier ministre le lendemain, le communiqué de Matignon louant « la fidélité [du Président] à son cap réformiste ». Après une série de consultations menées par le Président et le Premier ministre, et les annonces anticipées de certains ministres entrants et sortants, la composition du gouvernement Fillon III est annoncée à 20 h 15 par Claude Guéant, depuis le perron de l'Elysée. Composé de 31 membres, il signe le retour d'Alain Juppé et de Xavier Bertrand, ainsi que le départ de plusieurs ministres, dont Éric Woerth et plusieurs personnalités d'« ouverture », comme Bernard Kouchner, Jean-Marie Bockel ou Fadela Amara ; il est qualifié de gouvernement « estampillé RPR » par l'opposition et une partie des élus du Nouveau Centre et du Parti radical, qui s'estiment lésés avec le départ de Hervé Morin, de Jean-Louis Borloo et de plusieurs des leurs, et ce malgré la nomination de Michel Mercier au ministère de la Justice et l'arrivée de Maurice Leroy au ministère de la Ville. Pour la presse française et étrangère, ce changement de gouvernement marque un « rééquilibrage des pouvoirs au profit du Premier ministre »,,. Le 24 novembre 2010, après un discours de politique générale du chef du gouvernement à l'Assemblée nationale, le nouveau gouvernement obtient la confiance de 326 députés contre 226.

Ce gouvernement subit un remaniement le 27 février 2011, sa nouvelle composition étant annoncée par Nicolas Sarkozy lors d'une allocution télévisée. Au poste de ministre des Affaires étrangères, Alain Juppé remplace Michèle Alliot-Marie, mise en cause dans les médias pour ses vacances en Tunisie fin décembre 2010 dans le contexte d'une révolte populaire qui allait renverser le président Ben Ali au mois de janvier 2011, tandis qu'à l'Intérieur, Claude Guéant remplace Brice Hortefeux. Ce même mois de février 2011, François Fillon n'échappe pas à une polémique, en indiquant avoir été invité à Noël 2010 par le président égyptien Moubarak pour passer une semaine de vacances en famille aux frais de l'État égyptien. Lors de ce voyage, il s'était rendu à la cathédrale d'Assouan pour manifester la solidarité de la France vis-à-vis de la communauté copte d'Égypte, visée par un attentat à Alexandrie pendant la nuit du Nouvel An, les protestations consécutives à cet attentat constituant un prélude aux émeutes nationales amenant au départ du président Moubarak, le 11 février 2011.

À la suite du premier tour des élections cantonales de mars 2011, qui ont vu une poussée du Front national, il défend l'instauration d'un « Front républicain » contre le FN en se démarquant des responsables UMP Jean-François Copé et Xavier Bertrand mais aussi, selon certains observateurs, de Nicolas Sarkozy, en déclarant : « En cas de duels PS-FN, il faut voter contre le FN ». Début septembre 2013, il nuance cette position en considérant qu'il faut voter pour « le moins sectaire », en reconnaissant « qu'il peut arriver » qu'un candidat PS le soit plus qu'un candidat FN. Le 24 août 2011, le Premier ministre, lors d'une conférence de presse tenue à l'hôtel Matignon, présente un plan d'économies de 12 milliards d'euros pour 2011 et 2012, afin de compenser le ralentissement de la croissance économique. Il annonce notamment l'instauration d'une taxe exceptionnelle sur les revenus fiscaux supérieurs à 500 000 euros par an, une modification de la taxation des plus-values immobilières, une hausse des prélèvements sociaux sur les revenus du capital, l'augmentation des prix du tabac, de l'alcool, des boissons avec des sucres ajoutés. En octobre 2011, François Fillon annonce sa décision de quitter la Sarthe de sorte à présenter sa candidature aux élections législatives à Paris, en 2012.

Le 22 février 2012, il est chargé d'exercer les fonctions de ministre de l'Écologie, du Développement durable, des Transports et du Logement du fait de la démission de Nathalie Kosciusko-Morizet nommée porte-parole de Nicolas Sarkozy. Le 10 mai 2012, à la suite de la victoire de François Hollande à l'élection présidentielle, il remet la démission de son gouvernement au président Nicolas Sarkozy, qui le charge d'expédier les affaires courantes jusqu'à la nomination de son successeur. Le 15 mai 2012, Jean-Marc Ayrault lui succède en devenant le nouveau Premier ministre. Pour les élections législatives, il est « parachuté » dans la deuxième circonscription de Paris et choisit Dominique Stoppa-Lyonnet pour être sa suppléante. Le 23 mai 2012, François Fillon annonce qu'il sera candidat à la présidence de l'UMP lors du prochain congrès prévu à l'automne. Lors du premier tour des législatives le 10 juin 2012, il obtient 48,62 % des suffrages contre 33,88 % à son principal concurrent Axel Kahn investi par le Parti socialiste. Le 17 juin, il l'emporte au second tour avec 56,46 % des voix et devient ainsi député de la 2e circonscription de Paris. Avant d'être élu député, François Fillon crée une société de conseil dénommée 2 F Conseil, l’article 146-1 du code électoral lui interdisant cette création une fois élu.

Le 30 juin 2012, François Fillon annonce sa candidature officielle à la présidence de l'UMP. Sa campagne est perturbée par un accident de scooter survenu à Capri, le 30 juillet 2012, alors qu'il est l'invité de Luca di Montezemolo, puis par un calcul rénal. Donné largement favori tout au long de la campagne par les sondages auprès des sympathisants, il revendique sa victoire, tout comme Jean-François Copé, son adversaire, au soir de l'élection qui laisse apparaître des résultats extrêmement serrés et des anomalies lors du vote. Ce différend donne lieu à une tempête politique et médiatique qui laisse pronostiquer ou craindre à de nombreux commentateurs l'éclatement de l'UMP. Après la confirmation par la Commission nationale des recours — contestée dans sa composition par le camp Fillon — de la victoire de Jean-François Copé, puis d'une médiation avortée d'Alain Juppé, François Fillon et ses partisans évoquent la possibilité de la création d'un groupe parlementaire distinct et de recours en justice. Après une médiation de Nicolas Sarkozy et une entrevue infructueuse entre les deux concurrents, François Fillon passe à l'acte en prenant la tête de soixante-neuf parlementaires réunis au sein du groupe parlementaire autonome baptisé Rassemblement-UMP dont les statuts sont déposés le 27 novembre, conservant cependant son rattachement financier à l'UMP. Après la conclusion d'un accord avec Jean-François Copé, il dissout son groupe en janvier 2013.

Après avoir laissé planer le doute sur une éventuelle participation, François Fillon annonce le 26 février 2013 qu'il n'est pas candidat aux élections municipales de 2014 à Paris et apporte son soutien à Nathalie Kosciusko-Morizet. Le 9 mai 2013, François Fillon a annoncé, lors d'un voyage officiel au Japon, qu'il serait candidat aux primaires UMP de 2017 en vue de l'élection présidentielle. Pour rassembler ses soutiens et ses partisans, il met en place l'association Force républicaine, avec une antenne dans chaque département. Le 6 octobre 2013, dans Le Journal du Dimanche, l'ancien premier ministre reconnaît une maladresse à propos du FN. Il assure en outre être de facto en compétition avec Nicolas Sarkozy pour 2017.