Opération Anthropoid
Celui-ci était le chef du Reichssicherheitshauptamt (RHSA) – le Bureau central de Sécurité du Reich – et Protecteur de Bohème-Moravie, ainsi que l'organisateur en chef de la Solution finale, le programme nazi d'extermination des Juifs d'Europe. Depuis 1939, Heydrich dirigeait le Bureau Central de Sécurité du Reich (RSHA), une organisation regroupant la Gestapo (Police politique), la Sicherheitsdienst (SD) (agence de sécurité du parti nazi), la Kripo (Police criminelle) – et depuis 1942, il était également le Président d'Interpol.
Il joua un rôle essentiel dans l'élimination des opposants d'Hitler et, plus tard, fut l'un des organisateurs clefs dans le génocide des Juifs. Il était impliqué dans la plupart des intrigues de Hitler, dont il était à la fois un allié politique, un conseiller et un ami. En raison de ses compétences et de son pouvoir, il était redouté de presque tous les généraux allemands. En septembre 1941, Heydrich devint Protecteur de la Bohême-Moravie, c'est-à-dire « dictateur » de facto, en remplacement de Konstantin von Neurath, qu'Hitler considérait comme trop modéré. Il avait l'habitude de se déplacer dans une voiture ouverte, afin de montrer sa confiance dans les forces d'occupation et l'efficacité de leur répression à l'encontre des populations locales. En raison de sa cruauté, Heydrich était surnommé le boucher de Prague, la Bête blonde ou encore le Bourreau.
En tant que successeur virtuel d'Adolf Hitler, Reinhard Heydrich était l'un des hommes les plus importants du pouvoir nazi. Vers la fin de 1941, Hitler contrôlait pratiquement toute l'Europe continentale, et les forces allemandes approchaient de Moscou. Les alliés considéraient comme probable la capitulation de l'Union soviétique. Le gouvernement tchécoslovaque en exil, dirigé par Edvard Beneš, subissait la pression des services de renseignement britanniques, car l'activité de résistance en territoire tchèque apparaissait comme très limitée depuis le début de l'occupation allemande en 1939. La Tchécoslovaquie produisait d'importantes quantités de matériel pour le Troisième Reich.
Le gouvernement en exil devait susciter une action qui galvaniserait les populations, et montrerait au monde que les Tchèques étaient aux côtés des alliés. Les unités spéciales britanniques du Special Operations Executive (SOE) entraînèrent les agents tchèques et aidèrent à planifier l'opération. La mort de Heydrich devait constituer une perte énorme et représenter une victoire, sinon stratégique, du moins psychologique profonde. Parmi d'autres raisons invoquées pour organiser son assassinat figurent, pour les Britanniques, l'intérêt de préserver la position de l'Amiral Canaris, jugé moins dangereux, et celui d'éviter à tout prix qu'Heydrich puisse devenir le gouverneur de Paris. Sept soldats de l'armée tchécoslovaque en exil au Royaume-Uni, Jozef Gabčík, Jan Kubiš et deux autres groupes (Silver A et Silver B), furent parachutés par la Royal Air Force en territoire tchécoslovaque dans la nuit du 28 décembre 1941.
Jozef Gabčík and Jan Kubiš atterrirent à l'est de Prague ; bien que l'atterrissage fut initialement prévu près de Pilsen, suite à des problèmes de navigation. Les soldats se rendirent à Pilsen pour rejoindre leur contact, puis à Prague où l'attentat était prévu. À Prague, ils prirent contact avec plusieurs familles et organisations anti-nazies qui les aidèrent à planifier l'assassinat. Jozef Gabčík et Jan Kubiš avaient initialement l'intention d'abattre Heydrich dans un train, mais après analyse abandonnèrent cette idée. La deuxième possibilité était de l'attaquer dans la forêt, sur la route entre sa résidence et Prague. Ils envisageaient de tendre un câble en travers de la route pour arrêter la voiture de Heydrich, mais après plusieurs heures d'attente, leur commandant, le lieutenant Adolf Opálka, du groupe Out Distance, vint les récupérer pour les ramener à Prague. Le troisième plan consistait à assassiner Heydrich dans Prague. Le 27 mai 1942 à 10 h 30 du matin, Heydrich entreprit son trajet quotidien entre son domicile de Panenské Břežany jusqu'au château de Prague. Pressé, il n'attendit pas l'escorte de police qui l'accompagnait habituellement. Jozef Gabčík et Jan Kubiš attendaient à l'arrêt du tram dans la courbe près de l'hôpital Bulovka (Libeň). Valčik se tenait à environ 100 mètres au nord de Jozef Gabčík et Jan Kubiš faisant le guet pour signaler l'arrivée de la voiture.
Alors que la Mercedes-Benz découverte de Heydrich s'approchait des deux agents, Jozef Gabčík se jeta devant le véhicule et tenta d'ouvrir le feu mais sa Sten s'enraya. Heydrich ordonna à son chauffeur, le SS-Oberscharführer Klein, de s'arrêter. Lorsque Heydrich se leva pour tenter d'abattre Jozef Gabčík, Jan Kubiš lança une grenade anti-char modifiée sur le véhicule. Bien qu'elle ne tomba pas dans le véhicule, ses éclats traversèrent la portière droite et atteignirent Heydrich. Jan Kubiš fut également blessé par les éclats. Heydrich, apparemment inconscient de ses blessures, descendit de la voiture, fit feu et essaya de pourchasser Jozef Gabčík avant de s'effondrer. Il ordonna à Klein, qui revenait de sa tentative de poursuivre Jan Kubiš, de poursuivre Jozef Gabčík. Gabčík, utilisant son revolver tira sur Klein à deux reprises et le blessa.
Alors que les agents étaient convaincus d'avoir échoué, Heydrich devait mourir huit jours plus tard de septicémie. Selon une autre hypothèse plus rarement évoquée par les historiens, Heydrich pourrait avoir été victime d'une arme biologique antipersonnelle, ce qui expliquerait son décès alors que le pronostic vital n'était pas engagé. L'Obergruppenführer serait ainsi mort du botulisme, provoqué par la toxine botulique mêlée à la couche de colle enduisant la grenade. Heinrich Himmler, le supérieur direct de Heydrich, prit sur lui de s'occuper des soins de son subordonné. Aucun médecin tchèque ou de la Wehrmacht ne fut autorisé à opérer Heydrich. Himmler préférant envoyer ses médecins personnels. Le 4 juin, Heydrich succomba à ce que les médecins de Himmler décrirent comme une septicémie. Selon eux les crins de la sellerie de la voiture de Heydrich qui avaient pénétré dans ses blessures à la suite de l'explosion de la grenade, avaient causé cette infection généralisée qu'ils n'avaient pas les moyens de combattre.
Compte tenu des rumeurs selon lesquelles Himmler était à la fois jaloux de Heydrich et le craignait, la validité de ce diagnostic et les intentions des médecins de Himmler ont donné lieu à de nombreuses spéculations. Hitler ordonna aux SS et à la Gestapo de mettre la Bohème à feu et à sang pour retrouver les tueurs. Initialement, Hitler envisageait une campagne générale d'exécution des Tchèques, mais « limita » les représailles à plusieurs milliers de personnes afin de ne pas mettre en danger l'activité industrielle de la zone, essentielle pour l'armée allemande. Au total, plus de 13 000 personnes furent arrêtées, y compris la petite amie de Jan Kubiš, Anna Malinova, qui mourut au camp de concentration de Mauthausen. Les exactions les plus notables furent perpétrées dans les villages de Lidice et Ležáky, qui furent totalement détruits après que tous les hommes eussent été assassinés, les femmes déportées et les enfants placés dans des familles allemandes.
Winston Churchill, furieux, suggéra que trois villages allemands soient rasés pour chaque village tchèque détruit par les Nazis. En pratique, les alliés cessèrent de planifier de telles opérations par peur des représailles. Deux ans après, il envisagèrent une nouvelle opération, cette fois en visant Hitler, l'opération Foxley, mais elle ne se concrétisa pas. L'opération "Anthropoid" reste le seul assassinat réussi d'un dignitaire nazi durant le Troisième Reich. Les assaillants se cachèrent d'abord auprès de deux familles pragoises, puis trouvèrent refuge dans une église orthodoxe, l'église Saint-Cyrille-et-Méthode à Prague. La Gestapo fut incapable de les retrouver jusqu'à ce que Karel Čurda (du groupe "Out Distance", qui avait une mission de sabotage) ne leur donne les noms des contacts locaux de l'équipe contre une récompense d'un million de Reichsmarks.
Čurda trahit plusieurs caches du group Jindra, y compris celle de la famille Moravec à Zizkov. À cinq heures du matin le 17 juin, leur appartement fut investi. La famille fut regroupée dans le couloir pendant que la Gestapo fouillait leur logement. Mme Moravec, autorisée à aller aux toilettes, s'empoisonna avec une capsule de cyanure. M. Moravec, ignorant l'implication de sa famille dans la résistance fut transféré avec son fils Ata au Palais Peček. Là Ata fut torturé toute la journée, soulé avec du cognac et on lui montra la tête de sa mère coupée et mise dans un aquarium. Ata Moravec dit à la Gestapo tout ce qu'il savait. Les SS assiégèrent l'église, mais en dépit de l'action résolue de plus de 700 soldats, ils furent incapables de prendre les parachutistes vivants. Trois, y compris Jan Kubiš qui avait abattu Heydrich, furent tués dans la salle de prière après une bataille rangée de deux heures. Les quatre autres, y compris Jozef Gabčík, se suicidèrent dans la crypte après avoir repoussé les assauts des SS, qui tentèrent de les enfumer et de les noyer. Les SS et la police subirent également des pertes avec 14 SS tués et 21 blessés.
L'évêque de Prague Gorazd Pavlik, afin de minimiser les représailles parmi ses ouailles, prit sur lui la responsabilité des actions dans l'église, écrivant même aux autorités nazies. Le 27 juin 1942, il fut arrêté et torturé et le 4 septembre 1942, lui, les prêtres de l'église et plusieurs notables laïques furent fusillés. À l'issue de l'opération les Alliés décidèrent qu'après la défaite nazie les territoires des Sudètes seraient restitués à la Tchécoslovaquie, la vigueur des représailles fit également progresser l'idée que les populations allemandes devaient être expulsées de Tchécoslovaquie. Heydrich était l'un des principaux dirigeants nazis, deux grandes cérémonies funèbres furent organisées. Une à Prague, où la route du château fut bordée de milliers de SS portant des torches, l'autre à Berlin, en présence de hauts responsables du régime nazi, Hitler lui même plaça sur un coussin les médailles de l'Ordre d'Allemagne et l'Ordre du sang . Karel Čurda, après une tentative de suicide infructueuse, fut pendu pour haute trahison en 1947.