L'historien Jean-Pierre Baud relève la « mutation institutionnelle de la science occidentale », qui n'a pas causé mais permis en partie au génocide juif de fonctionner.
Différent d'un simple massacre, ce génocide extermine en effet pour le simple fait d'être né. Deux facteurs l'expliquent : une légalité et des dogmes scientifiques ainsi que la volonté de défendre un« être collectif ». L'hygiénisme du XIXe siècle pose déjà les base de la défense sanitaire et de l'institutionnalisation de l'extermination de la vermine et de la saleté, vocabulaire qu'Adolf Hitler dévoiera pour parler des Juifs.
Néanmoins, à l'époque, de nombreux théoriciens du racisme et de l'eugénisme rencontrent un certain écho. Alors, pour l'historien Benno Müller-Hill, Hitler se limite au début de sa prise de pouvoir à permettre à ces vues scientifiques de s'imposer, ne définissant qu'un « cadre général ». Dans les camps, les mesures de stérilisation ou d'euthanasie se font toujours sous contrôle médical, justifiées par le droit nazi.
Karl Brandt, médecin personnel d'Hitler, supervise le programme d'euthanasie T-4. Ses directives sont appliquées dans différents camps, comme Karl Gebhardt et Herta Oberheuser à Ravensbrück ou Waldemar Hoven à Buchenwald. August Hirt mène des recherches sur des détenus de camp ainsi que sur des cadavres, soutenu par le Conseil national de la recherche du Reich.