Son père, Bruno Heydrich, est un excellent musicien, sorti du Conservatoire royal de Dresde en 1882 avec la plus haute distinction. Il est ensuite un chanteur d'opéra relativement connu, notamment à l'opéra de Weimar, puis à ceux de Cologne et de Brunswick. Compositeur d'une certaine notoriété, il devient enfin le directeur du conservatoire de musique de Halle, où la mère d'Heydrich, Elizabeth Kranz, enseigne le piano et était inspectrice de l'école d'institutrices. Ses parents lui donnent les prénoms de Reinhard Tristan Eugen en référence, pour le prénom de Reinhard au nom du héros de l'opéra composé par son père, Amen, pour Tristan à l'opéra de Richard Wagner, et pour Eugen en hommage au père d'Elizabeth, Georg Eugen Krantz, professeur de musique et conseiller aulique de Dresde.
Dans son curriculum vitæ rédigé en 1903, Bruno Heydrich fait preuve d'une recherche des honneurs et de la reconnaissance que l'on retrouve chez son fils. En effet, outre sa volonté d'être reconnu en tant que pilote de chasse, Reinhard Heydrich collectionne des titres fort éloignés de ses fonctions en tant que chef du RSHA, comme celui de directeur de l'Office de l'Escrime et d'inspecteur d'Himmler pour la gymnastique ; en 1940, il tente, sans succès, de prendre la présidence de l'Union internationale d'escrime. Ce milieu familial baigné par la musique explique la passion d'Heydrich pour le violon, qu'il pratique toute sa vie durant et qui constitue souvent son seul refuge, son seul véritable moyen de détente. Il explique aussi le choix de deux de ses prénoms, Reinhard, nom du héros de l'opéra de Bruno Heydrich, Amen, et Tristan tiré de l'œuvre de Wagner, son troisième prénom, Eugen étant l'un de ceux de son grand-père maternel. Reinhard Heydrich naît le 7 mars 1904 ; sa naissance suit celle de sa sœur, Maria, et précède celle d'un frère Heinz.
Conformément aux souhaits de sa mère, Reinhard est baptisé selon le rite catholique, alors que son père est un protestant non pratiquant. À l'instar de la majorité des personnes de sa génération issues de la moyenne bourgeoisie, il est éduqué dans un climat strict et rigoriste, dans une ambiance nationaliste où la fidélité absolue au Kaiser est la règle. Il devient en grandissant un adversaire résolu de l'Église catholique, sans pour autant adhérer au néo-paganisme cher à Himmler. La fin de la Première Guerre mondiale par la capitulation de l'Allemagne le 11 novembre 1918, outre le fait qu'elle appauvrit les Heydrich comme des millions d'autres Allemands, donne naissance à la légende du « coup de poignard dans le dos », selon laquelle communistes et Juifs auraient trahi une armée invaincue. La famille Heydrich est convaincue de la véracité de cette théorie, matrice de l'engagement des futurs nazis et d'une myriade de groupes ou groupuscules ultranationalistes. Avec l'effondrement de l'Empire allemand, l'Allemagne est secouée par de nombreuses insurrections de gauche comme celles menées par les Spartakistes férocement réprimées, souvent à la demande du ministre de la Reichswehr social-démocrate Gustav Noske, par les Corps francs. Halle est également frappée de ces soubresauts.
Au début de l'année 1919, un conseil d'ouvriers et de soldats, s'inspirant du modèle des Soviets, prend le pouvoir à Halle. Il est combattu et défait par le Freikorps Maercker. Après la fin des combats, dont une partie s'était déroulée à proximité du conservatoire, Heydrich s'enrôle comme estafette au sein du Freikorps Halle. Cet engagement précoce se confirme en 1920. Le Putsch de Kapp, tentative réactionnaire de rétablir la monarchie, est mis en échec suite à une grève générale organisée par les forces de gauche. L'état d'urgence proclamé à Halle par les opposants à Kapp est réprimé dans le sang au prix de plusieurs centaines de victimes, par les troupes gouvernementales plutôt proches du putschiste. Durant cet épisode, Reinhard Heydrich s'engage à nouveau, cette fois comme membre du service technique de secours. Son engagement aux côtés des forces ultranationalistes « völkisch » a parfois été minimisé par sa famille, mais il ne fait aucun doute. Il a été glorifié par d'autres alors que Heydrich n'a occupé que des fonctions tout à fait insignifiantes, en 1919 après la fin des combats, et en 1920 sans y participer. Cet engagement est à la fois précoce et constant : en 1918, Heydrich adhère à une association de jeunesse nationaliste, le Deutsch-Nationaler Jugendbund ; il la quitte puis s'affilie en 1920 au Deutscher Völkischer Schutz und Trutzbund.
Cette organisation dont le slogan est Wir sind die Herren der Welt! (« Nous sommes les maîtres du monde ! »), a pour but d'alerter le peuple allemand sur l'importance et l'étendue de la menace que représente « l'influence des Juifs et des sentiments et pensées d'origine étrangère ». En 1921, il fonde avec un ami le Deutschvölkische Jugenschar, organisation avec laquelle il reste en contact lorsqu'il rejoint la Reichsmarine. Avec de bonnes notes, Heydrich termine ses études en 1922. Durant cette période, il devient un sportif accompli et pratique la natation, la course, la voile et l'escrime – comme pour le violon, sa passion pour le sport se poursuit tout au long de sa vie. Il devient d'ailleurs un escrimeur de niveau international et continue à participer à des compétitions d'escrime une fois devenu le responsable de l'appareil répressif du Reich. En 1941, il est classé cinquième aux championnats d'escrime d'Allemagne. En décembre de la même année, il remporte ses trois engagements contre les escrimeurs hongrois, alors que l'équipe allemande est battue par la Hongrie sur le score de cinq victoires contre onze, mais ces victoires peuvent s'expliquer par sa position de puissant chef du régime répressif nazi (les 3 escrimeurs hongrois l'auraient laissé gagner). Le 30 mars 1922, il rejoint la Reichsmarine, sans doute sous l'influence des « exploits » du Comte Félix Von Luckner, « corsaire » de la Première Guerre mondiale et ami de ses parents. Au cours de sa carrière militaire, Heydrich se fait surtout remarquer par ses talents sportifs et musicaux et par ses liaisons féminines.
En 1930, il n'est d'ailleurs classé que vingt-troisième lors de sa promotion comme enseigne de vaisseau. Après cette promotion, il demande et obtient son affectation à la section politique des services de renseignements de la marine à Kiel. Peu de faits marquants lors de ces années, si ce n'est la relation établie avec Wilhelm Canaris, futur amiral et futur chef de l'Abwehr, le service de contre-espionnage militaire. Les bonnes relations nouées entre les deux hommes n'empêcheront pas le SD et l'Abwehr, et leurs chefs respectifs, de mener une guerre féroce pour le contrôle des services d'espionnage. Ce conflit se terminera à l'avantage de la SS et du SD après la disgrâce et la démission de Canaris en février 1944. La carrière d'Heydrich dans la marine est brutalement interrompue en 1931. Après l'annonce de ses fiançailles avec Lina von Osten, qu'il épouse quelque temps après, il est traîné devant un tribunal d'honneur présidé par le futur amiral Erich Raeder, suite à la plainte d'une jeune fille qui s'estime déjà fiancée avec Heydrich. L'identité de celle-ci et la nature exacte de sa relation avec Heydrich restent à ce jour inconnues. En eux-mêmes, les faits sont relativement mineurs et ils ne devaient pas avoir de conséquences majeures.
Mais, lors du procès, Heydrich se montre suffisant et méprisant, fait preuve de mauvaise foi et d'arrogance : le verdict débouche sur un renvoi pour indignité, rendu public le 1er mai 1931. Cette hypothèse est mise en doute par Peter Padfield, qui ne cautionne cependant pas la justification tardive avancée par Heydrich, selon laquelle il aurait été exclu de la Marine en raison de ses sympathies nazies. Pour Padfield, il s'agirait d'une mise en scène de Canaris destinée à faciliter l'entrée dans les services de renseignements du parti nazi. En juin 1931, Heydrich se retrouve donc sans emploi et sans perspective de carrière. Avant d'aborder la carrière de Heydrich à la SS et au RSHA, il faut dissiper la rumeur de ses origines juives, invoquée à plusieurs reprises par ses rivaux au sein du régime nazi. Elle provient du fait que la grand-mère paternelle de Heydrich, Ernestine Heydrich, née Lindner, avait épousé en secondes noces, soit après le décès de son premier mari, Reinhold Heydrich, un serrurier, Gustav Süss, dont le patronyme pourrait être d'origine juive.
Le 22 juin 1932, une commission d'évaluation de l'origine raciale, dont les recherches sont effectuées à la demande d'Heydrich, affirme qu'« au vu de la liste généalogique ci-jointe, il apparaît que Reinhard Heydrich, enseigne de vaisseau de 1e classe relevé de ses fonctions, est d'origine allemande et ne présente pas de sang de couleur ni de sang juif ». Malgré ses bases particulièrement fragiles, cette rumeur constituait certainement une source d'inquiétude pour Heydrich et peut-être un moyen de pression qu'Himmler pouvait employer contre lui. Le 1er mai 1931, soit le jour même où son renvoi de la Reichsmarine est rendu public, Heydrich s'affilie au parti nazi et moins de quinze jours plus tard, sur la recommandation de Karl von Eberstein, il se présente au domicile de Heinrich Himmler, alors que celui-ci soigne une grippe. Cette maladie n'est peut-être qu'un prétexte pour organiser une rencontre discrète, à l'abri des regards de la SA. Non seulement celui-ci l'accepte dans la SS, aux critères de sélection nettement plus sévères et à la discipline plus stricte que ceux de la SA, mais il lui confie immédiatement la création du service de renseignements du parti nazi, le futur Sicherheitsdienst (SD), compte tenu de son expérience au sein des services de renseignements de la Marine à Kiel.
Sous l'appellation « service Ic », ses activités débutent à Munich le 10 août 1931, avec des moyens inexistants et dans l'amateurisme le plus total. Ce nouveau service monte rapidement en puissance et collecte des renseignements tout d'abord sur les policiers infiltrés dans le parti nazi, sur les ennemis de celui-ci mais aussi et surtout sur les membres du parti nazi et de la SA. Il sert aussi d'instrument d'extorsion de fonds pour financer l'expansion de la SS. Il entre au parti nazi le 1er juin 1931, sous le numéro 544 916 puis dans la SS le 14 juillet 1931, avec le matricule 10120. Travailleur, bon organisateur, nazi convaincu, adjoint direct d'Himmler, Heydrich est promu Hauptsturmführer le 1er décembre 1931. Le 26 décembre 1931, Reinhard Heydrich épouse Lina von Osten lors d'un mariage où abondent les symboles nazis : en entrant, les futurs mariés défilent entre deux rangées de notables nazis locaux faisant le salut hitlérien, le mur de l'autel est décoré d'une croix gammée et, à la fin de la messe, l'orgue joue le Horst Wessel Lied. Ce décorum ne peut que plaire à la promise, dont toute la famille est nazie, un de ses cousins étant l'auteur du proverbe « Sur Fehmarn [l'île du Holstein où est née Lina] il n'y a ni serpents, ni taupes, ni Juifs ». Quatre enfants naîtront de ce mariage :
- Klaus (17 juin 1933 - 24 octobre 1943),
- Heider (28 décembre 1934 -),
- Silke (9 avril 1939 -).
- Marte (23 juillet 1942 -).
En guise de cadeau de mariage, Himmler nomme Heydrich Sturmbannführer. En juillet 1932, il est officiellement nommé à la tête du Sicherheitsdienst (SD), nouvelle appellation du service Ic et à nouveau promu, cette fois au grade de Standartenführer. Le 30 janvier 1933, les nazis arrivent au pouvoir. Heydrich favorise la nomination de Hitler comme chancelier par le président de la République, le Maréchal Hindenburg, en mettant en cause son fils Oskar, dans le détournement des subsides de l'Osthilfe, destinés à soutenir l'agriculture dans l'Est de la Prusse, et en inventant de toutes pièces la menace d'une tentative de coup d'État des communistes. Heinrich Himmler prend les rênes de la police de Munich et Heydrich devient son adjoint pour la section politique, tout en demeurant le chef du SD. Il participe aux premières répressions menées par le régime nazi dès le mois de février et contribue à remplir le camp de Dachau ouvert en mars 1933 et dont la garde est confiée à la SS en avril. Pour ce faire, il s'appuie notamment sur le Reichstagsbrandverordnung, l'ordonnance d'urgence pour la protection du peuple et de l'État, votée le lendemain de l'incendie du Reichstag (à la préparation et à l'exécution duquel il aurait lui-même participé avec l'aide de son frère Heinz, journaliste bien informé), qui permet de suspendre les libertés fondamentales et l'habeas corpus. Heydrich bloque toutes les tentatives de contrôle juridique sur ce qui se passe à l'intérieur du camp. Il essaie même d'y faire interner le prix Nobel de littérature, Thomas Mann, parce qu'il a, selon Heydrich, « une position non allemande, ennemie du mouvement national, marxiste et judéophile ». On passe de la terreur de rue des SA à la terreur d'État de la SS, même si celle-ci est toujours officiellement subordonnée à la SA. En 1934, Heydrich est avec Heinrich Himmler l'un des artisans de la « Nuit des Longs Couteaux » qui débouche sur l'élimination de la SA en tant que force politique et qui permet à la SS de dépendre directement du Führer.
Avec plus de quatre millions de membres, totalement dévouée à son chef, Ernst Röhm, la SA exige des réformes sociales et économiques ; sa volonté de prendre le contrôle de l'armée suscite l'opposition des dirigeants militaires dont Hitler a un pressant besoin. Afin de prévenir un complot de Röhm, inventé de toutes pièces par Heydrich, Himmler et Hermann Goering, Heydrich lui-même convainc Hitler de sa réalité. Après avoir reçu l'approbation de Hitler, toutefois réticent pour l'assassinat de Röhm, les 30 juin et 1er juillet 1934, la SA est décapitée par les troupes de Himmler et Heydrich. Les fichiers détaillés patiemment constitués depuis 1931 par Heydrich et le SD sont particulièrement utiles pour désigner les victimes. L'épuration fait une centaine de victimes dont Röhm lui-même (assassiné par Theodor Eicke, futur inspecteur des camps de concentration puis commandant de la 3e Panzerdivision SS Totenkopf), de nombreux responsables de la SA mais aussi des opposants à Hitler, opposants internes comme Gregor Strasser, pendant l'agonie duquel Heydrich hurle « qu'on laisse ce porc se vider de son sang », ou externes comme l'ancien chancelier von Schleicher. La liste des exécutions aurait été signée par Heydrich lui-même, qui reçoit les 18 tueurs envoyés par Dietrich et leur désigne leurs cibles, avant le début des meurtres . Une partie de celles-ci a lieu dans la cour de la prison de Stadelheim, à Munich, le peloton d'exécution étant commandé par Sepp Dietrich, futur commandant de la 1ère division SS Leibstandarte Adolf Hitler.
C'est sur son insistance qu'est assassiné Erich Klausener, directeur de l'Action catholique et fonctionnaire au ministère des Transports, qui s'était opposé aux nazis lorsqu'il était directeur de la police au ministère de l'Intérieur prussien. Pour l'adversaire de l'église catholique qu'est Heydrich, la déclaration de Klausener selon laquelle la messe est « une reconnaissance toute particulière de l'action sociale de l'Église » et ses prêches publics contre les nazis lors de la journée d'action catholique à Hoppergarten sont intolérables. Heydrich remet personnellement un pistolet au Hauptsturmführer Kurt Gildish, en lui donnant l'ordre formel d'abattre Klausener de sa propre main. Cette fois, Heydrich a choisi une victime à titre personnel, en dehors du cadre de l'épuration de la SA et du Parti. Pour Hermann Goering, le meurtre de Klausener « fut une action vraiment sauvage de Heydrich ». Même Wilhelm Frick, nazi convaincu, ministre de l'Intérieur, qui sera condamné à mort et pendu lors du procès de Nuremberg est choqué par la cruauté de Heydrich.
En mai 1935, il déclare qu'« il est possible que par la suite je sois forcé de laisser entrer au ministère Himmler, mais en aucun cas l'assassin Heydrich ne sera admis ». La SS élimine ainsi une organisation rivale dont elle dépend encore formellement. En remerciement de ses services, Heydrich est à nouveau promu, cette fois au grade de Gruppenführer. Lorsqu'en 1936, après de nombreuses luttes d'influence, notamment avec Hermann Goering, Heinrich Himmler devient Chef der Deutschen Polizei (chef de toutes les polices allemandes), Heydrich est son bras droit. A la tête du Reichssicherheitshauptamt ou RSHA, Heydrich dirige le Sicherheitsdienst, organisme du parti qui comporte notamment les deux cellules opérationnelles du SD (SD-Inland et SD-Ausland) mais aussi la Sicherheitspolizei (Sipo), organisme d'État qui regroupe la Gestapo et la Kriminalpolizei. Les responsables de ces quatre départements, Müller, personnellement choisi par Heydrich, Ohlendorf, Schellenberg et Nebe, sont présents tout au long de la répression nazie.
Ces quatre adjoints d'Heydrich, aux profils variés, seront fort efficaces. Müller, âgé de 36 ans en 1936, et, Nebe, 42 ans, sont tous deux des policiers de métier qui ont commencé leur carrière au début des années 1920. Müller sert fidèlement la République de Weimar pour laquelle il a pourchassé indifféremment nazis et communistes ; il ne s'inscrit d'ailleurs au NSDAP que le 31 mai 1939. Par contre, Nebe est militant du parti depuis 1931. Si Müller est un bourreau, Nebe semble avoir agi de manière correcte à la tête de la Kripo. Ohlendorf, 29 ans, et Schellenberg, 26 ans, ont des profils plus intellectuels. Ohlendorf est diplômé en droit et en économie des universités de Leipzig et Göttingen, Schellenberg a étudié la médecine puis le droit à l'université de Bonn. Seules la date et, sans doute, la profondeur de leur engagement politique les séparent : Ohlendorf est membre du NSDAP depuis 1925 et de la SS depuis 1926 ; Schellenberg ne s'inscrit au parti qu'en 1933, peu avant son recrutement comme juriste au Sicherheitsdienst. La Gestapo, police politique, se charge de traquer, d'interner ou d'éliminer les opposants alors que la Kripo a un rôle de police criminelle traditionnelle. Le SD-Inland a notamment pour tâche d'établir des rapports sur l'intégration de la conception du monde nationale-socialiste, la Weltanschauung dans la sphère individuelle, de déterminer si elle suscite de l'opposition, et dans ce cas, d'identifier les opposants. Le SD-Ausland, en dehors de ses missions d'espionnage classiques, dresse des listes de personnalités à éliminer, notamment en Autriche, et élabore des « solutions aux problèmes tchèque et russe ».
La seule force de police qui échappe à l'autorité de Heydrich et dépend directement de Himmler en tant que Chef der Deutschen Polizei est l'Ordnungspolizei, la police en uniforme chargée du maintien de l'ordre au sens classique du terme (gendarmerie, police de la route, polices urbaine et rurale, etc.) dirigée par Kurt Daluege. Dès l'Anschluss, soit l'annexion de l'Autriche à l'Allemagne le 13 mars 1938, Heydrich, qui a participé activement à sa préparation, utilise son outil répressif contre les opposants autrichiens avec la même vigueur qu'il avait déployée en Allemagne. Après avoir rempli le camp de concentration de Dachau, c'est au tour de Mauthausen. Depuis 1935, le SD dispose en outre d'un nouvel outil de répression, la détention préventive (Schutzhaft) qui lui permet d'interner qui bon lui semble sans aucune procédure devant les tribunaux et dont il fait un large usage en Allemagne et dans tous les territoires occupés. À partir du 7 décembre 1941, la Schutzhaft est plus terrible encore, avec l'entrée en vigueur du décret « Nuit et brouillard » qui impose que les prisonniers disparaissent sans laisser de trace et interdit de donner le moindre renseignement à leurs proches sur leur sort ou leur lieu de détention. Le 9 novembre 1938, Heydrich est à Munich, où Hitler célèbre l'anniversaire de la tentative de prise du pouvoir lors du Putsch de la brasserie en 1923, en présence de Joseph Goebbels et de nombreux dirigeants nazis.
Après que Hitler eut appris la mort du diplomate Ernst vom Rath, assassiné à Paris par un jeune Juif Polonais, Herschel Grynszpan, dont les parents avaient été déportés, Goebbels prononce un discours haineux, appelant à des « actions spontanées » de représailles contre les Juifs, immédiatement relayé par les participants auprès de leurs troupes : des pogroms se déclenchent à travers toute l'Allemagne. En fait d'actions spontanées, il s'agit d'une campagne orchestrée par le parti nazi et menée par la SA, mais sans drapeaux à croix gammée. Si Heydrich n'est pas l'initiateur du déclenchement des violences contre les Juifs, et si d'après certains auteurs il désapprouve ce déchaînement de violence sauvage, il participe à l'encadrement de l'opération et envoie le télégramme suivant : « On ne devra mener que des actions qui ne mettent pas en danger la vie et les biens allemands (par exemple des incendies de synagogues uniquement s'il n'y a pas de danger de propagation alentour). Les commerces et les appartements des Juifs seront seulement saccagés mais non pillés » — Reinhard Heydrich, dans la nuit du 9 au 10 novembre 1938. Quelques heures plus tard, il précise que « les actions contre les Juifs ne devaient entraîner aucune sanction ».
Le 12 novembre, c'est encore lui qui dresse le bilan des actions anti juives, lors d'une conférence interministérielle : 7 500 magasins et 177 synagogues détruits, plus de 100 millions de Marks de dégâts, et 91 morts. Lors de cette même réunion, il propose de concentrer les Juifs dans des ghettos, de leur faire porter un insigne distinctif, de les exclure des transports publics, des hôpitaux, des écoles et de tous les endroits où ils pourraient côtoyer des Allemands. Au bilan officiel dressé par Heydrich, il faut ajouter les quelques 20 000 Juifs déportés en camp de concentration, grâce à la collaboration entre la police politique et la police ordinaire. « Même en éliminant totalement le Juif de l'économie, le problème fondamental reste entier : il faut que le Juif quitte l'Allemagne », affirmait par ailleurs Reinhard Heydrich, le 12 novembre 1938. Lors de son bilan, Heydrich vante également les mérites de la centrale d'émigration créée à Vienne en mars 1938, dont il a confié la responsabilité à Adolf Eichmann, et qui a permis d'accélérer les départs de Juifs, dont 50 000 ont quitté l'Autriche depuis l'Anschluss.
Le 24 janvier 1939, ce modèle est généralisé à l'ensemble du Reich, sous l'autorité directe de Heydrich. Début août 1939, Heydrich organise, à la demande d'Hitler et de Himmler la mise en scène, dans la nuit du 31 août au 1er septembre 1939, de la prétendue attaque de la station radio allemande de Gleiwitz et celle du poste des douanes de Hochlinden, prétextes cousus de fil blanc dont se saisit Hitler pour envahir la Pologne. « Quand les blindés rouleront, plus personne n'en parlera », dit ainsi Reinhard Heydrich. Pour Hochlinden, Heydrich ordonne à la Gestapo d'extraire six déportés du camp de Sachsenhausen et de les exécuter. Leurs cadavres, revêtus d'uniformes polonais sont disposés autour du poste des douanes. La même technique est utilisée à Gleiwitz. L'exécution de ces deux opérations est confiée à la Gestapo et plus particulièrement à Heinrich Müller et à Alfred Naujocks. Ces deux hommes organisent également l'Incident de Venlo, soit l'enlèvement de deux agents secrets britanniques aux Pays-Bas dans la nuit du 8 au 9 septembre 1939. Le 1er septembre 1939 au matin, les troupes allemandes franchissent la frontière : la campagne de Pologne débute.
La création des Einsatzgruppen revêt clairement un caractère idéologique et racial, et constitue un véritable prélude à la destruction des Juifs d'Europe. Lors de la campagne de Pologne, dans le sillage de la Wehrmacht, les Einsatzgruppen, constitués en juillet par Reinhard Heydrich, procèdent au massacre planifié de l'élite polonaise, en mettant l'accent sur les Juifs considérés comme opposants potentiels. De septembre 1939 au printemps 1940, les exécutions font 60 000 victimes. Si la Wehrmacht commet elle aussi de nombreuses exactions en représailles aux actions de francs-tireurs le plus souvent imaginaires, amorçant ainsi le processus de « barbarisation » de l'armée allemande, l'action des Einsatzgruppen est quant à elle planifiée avant même le début de l'invasion, dirigée vers des victimes prédéfinies, considérées comme des opposants ou de futurs opposants potentiels à l'occupation allemande. Heydrich indique ainsi « nous voulons bien protéger les petites gens, mais les aristocrates, les curetons et les Juifs doivent être supprimés ». Cette action n'a toutefois pas encore le caractère génocidaire qu'elle revêtira lors de l'invasion de l'Union soviétique.
En termes d'organisation des actions à mener, les leçons de l'action des Einsatzgruppen en Pologne sont tirées lors de l'attaque contre l'Union Soviétique, notamment afin d'éviter les tensions avec la Wehrmacht dont certains officiers avaient protesté contre la brutalité des SS en Pologne. En Union soviétique, les tâches et les zones de déploiement des Einsatzgruppen, ainsi que leur mode de collaboration avec la Wehrmacht, seront ainsi définies en concertation avec les plus hautes autorités militaires, avant même le début des opérations. Suite à des instructions écrites d'Heydrich en date du 21 septembre 1939, la concentration des Juifs dans des ghettos, situés dans des villes reliées au chemin de fer commence dès la fin du mois de septembre, et des Judenräte (conseils juifs) sont constitués « afin que les futures mesures en soient facilitées ».
En novembre et décembre 1939, 87 000 Juifs et Polonais sont déportés de la partie de la Pologne annexée au Reich vers le « Gouvernement général », au prix de conflits incessants avec le dirigeant de celui-ci, Hans Frank. Cette expérience est également mise à profit lorsque l'action contre les Juifs concerne l'Allemagne et tous les territoires occupés. En décembre, Heydrich nomme Adolf Eichmann directeur de la section spéciale IV D4 de la Gestapo, qui deviendra plus tard l'Amt B4, afin de disposer d'un spécialiste de la question juive. En 1939 et 1940, Heydrich étudie les possibilités de vider le Reich de tous les Juifs : il confie notamment à Eichmann la mission d'élaborer un plan pour déporter l'ensemble de la population juive sur l'île de Madagascar. Mais dès le mois de juin 1940, il comprend que la question juive ne pourra être résolue par l'émigration. En mars 1941, soit avant l'invasion de l'Union Soviétique, Heydrich, avec l'accord de Hitler, prend contact avec Hermann Goering afin de trouver un projet de solution à la « question juive ». Dans les mois qui précèdent l’invasion de l'Union Soviétique du 22 juin 1941, Heydrich mène d’intenses négociations avec des responsables de l’armée afin de mieux coordonner l’action des Einsatzgruppen avec les opérations militaires. Vu l’ampleur du conflit qui se prépare, les difficultés rencontrées en Pologne ne peuvent se répéter.
Un accord est finalement conclu afin de définir avec précision les missions des uns et des autres, ce qui n’empêche ni les tensions, ni les contradictions. Quatre Einsatzgruppen sont formés, dont deux sont dirigés par de proches collaborateurs d’Heydrich : Artur Nebe, chef du bureau V (police judiciaire ou Kripo) pour le groupe B et Otto Ohlendorf, chef du bureau III (SD-Ausland) pour le groupe D ; le groupe A est dirigé par Franz Walter Stahlecker, le groupe C par Otto Rasch. Désignés par Heydrich sans être volontaires, ils accomplissent leur tâche avec une redoutable efficacité. Comme en Pologne, mais sur une bien plus vaste échelle, les quatre groupes s’engouffrent dans le sillage des armées allemandes dès le début de l'opération Barbarossa et procèdent à l’élimination systématique des cadres du parti communiste, surtout s’ils sont Juifs, des commissaires politiques de l’Armée rouge, des partisans et supposés tels, de ceux qui les abritent et les soutiennent ou sont soupçonnés de le faire.
À la fin du mois de juillet 1941, l’action s’étend à tous les Juifs, hommes, femmes et enfants. D'après Walter Blume, chef de l'Einsatzkommando 7a de l'Einsatzgruppe B, et Karl Jäger, chef de l'Einsatzkommando 3 de l'Einsatzgruppe A, c'est bien Heydrich qui donne l'ordre d'exécuter toute la population juive. Il n’est plus nécessaire d’être un opposant réel ou potentiel : le fait d’être Juif suffit pour être exécuté. Le plus terrible des massacres est perpétré par l'Einsatzgruppe C, à Babi Yar, près de Kiev, les 29 et 30 septembre 1941, au prix de près de trente-quatre mille victimes. Fin août ou début septembre, Heydrich confirme lors d'un entretien avec Eichmann que « le Führer a ordonné l'extermination physique des Juifs ». Afin d’accélérer l’extermination des Juifs, mais aussi d’épargner les nerfs des tueurs, les premiers camions à gaz (déjà utilisés en Allemagne pour l’extermination des malades mentaux dirigée et exécutée par les services de Heydrich) font leur apparition sur le front de l’Est en décembre 1941. Le 7 décembre 1941, les premiers gazages sont organisés dans le camp d’extermination de Chelmno, seul camp administré par la Sipo. Les autres camps d'extermination et les camps de concentration ne relèvent pas de l'autorité d'Heydrich, mais de celle d'Himmler, via le Wirtschafts- und Verwaltungs-Hauptamt, dirigé par Oswald Pohl. Après l’organisation des Einsatzgruppen, aux activités desquels il n’assiste jamais, mais dont il suit les résultats de manière constante et dont il lit les rapports tous les jours, Heydrich se voit confier par Goering, le 31 juillet 1941 la tâche de « produire dans les plus brefs délais un projet d'ensemble sur les premières mesures pratiques d'organisation à prendre pour mener à bien la solution tant désirée du problème juif ».
C'est sur la base de cette instruction qu'Heydrich organise la conférence de Wannsee qui se tient le 20 janvier 1942. Les quatorze participants, invités par Heydrich, ne sont pas des responsables de premier plan et représentent divers ministères, le gouvernement général, l'appareil du parti et la SS ; parmi eux, on retrouve également Heinrich Müller et Adolf Eichmann, qui assure le secrétariat de la conférence.« Heydrich fit part en ouverture de la mission qui lui était confiée par le Maréchal du Reich [Goering] en vue de la préparation de la solution finale de la question juive en Europe et indiqua que l'objectif de cette réunion était de clarifier les questions de fond. Le souhait du Maréchal du Reich de se voir présenter un projet d'organisation, de déroulement et de conditions matérielles dans la perspective de la solution finale de la question juive en Europe, exigeait au préalable une harmonisation de toutes les instances centrales directement concernées par ces questions, dans la perspective d'une conduite parallèle de l'orientation des actions. ».
Il est également clair sur les méthodes à mettre en œuvre : « Au cours de la solution finale, les Juifs de l'Est devront être mobilisés pour le travail avec l'encadrement voulu. En grandes colonnes de travailleurs, séparés par sexe, les Juifs aptes au travail seront amenés à construire des routes dans ces territoires. Ce qui sans doute permettra une diminution naturelle substantielle de leur nombre. Pour finir, il faudra appliquer un traitement approprié à la totalité de ceux qui resteront car il s'agira évidemment des éléments les plus résistants, puisque issus d'une sélection naturelle, et qui seraient susceptibles d'être le germe d'une nouvelle souche juive, pour peu qu'on les laisse en liberté (voir l'expérience de l'histoire)». Pour Heydrich, il ne s'agit plus seulement d'appliquer la solution finale, l’Endlösung aux seuls Juifs du Reich, mais bien de l'étendre à tous les Juifs d'Europe, dont il estime le nombre à 11 millions de personnes. La conférence dure à peine deux heures et les propos de Heydrich ne soulèvent aucune objection : bien au contraire, plusieurs participants apportent leur contribution, notamment quant au sort à réserver aux demi-Juifs, ou pour demander d'accorder la priorité à l'évacuation des Juifs du « Gouvernement général ».
À l'issue de la conférence, Heydrich est manifestement satisfait. Selon le témoignage d'Eichmann lors de son procès, c'est la première fois qu'il voit Heydrich aussi détendu, causant avec Müller, en fumant une cigarette et en buvant un verre de cognac, ce qui ne lui arrive jamais. C'est à la suite de cette conférence qu'est ensuite lancée l’opération Reinhart, soit l’élimination systématique de tous les Juifs de Pologne et de la Russie d’Europe. Lors d'un discours devant des responsables de la SS et du SD à Paris, en mai 1942, Heydrich déclare sans détours que « la condamnation à mort a été prononcée pour l'ensemble des Juifs d'Europe ». Selon l'historien Eberhard Jäckel, « l'architecte suprême du génocide ne fut pas Himmler, mais Heydrich. Il poussa Hitler lui-même ». Heydrich est également actif dans la persécution des tsiganes par les nazis. Le 1er mars 1938, il promulgue les arrêtés d'application du décret du 8 décembre 1937 organisant la ségrégation raciale à l'égard des Tsiganes et notamment l'interdiction des unions mixtes. En octobre et novembre 1939, il collabore à la préparation de leur expulsion du territoire du Reich, qu'il organise en avril 1940. Les activités à la tête du SD, ses promotions au sein de la SS ne suffisent pas à assouvir le besoin de gloire d'Heydrich : il veut aussi être un héros de guerre. Dès 1939, il reçoit une formation de pilote de chasse et il participe à des engagements au-dessus de la Pologne, de la Norvège et des Pays-Bas. Sans aucune victoire à son actif, il capote au décollage en mai 1940 et endommage son appareil en le rentrant dans un hangar en 1941 : ces maladresses sont transformées en exploits par la propagande.
Malgré l'interdiction formelle de Himmler, il vole à nouveau lors de l'invasion de l'Union Soviétique. Le 22 juin 1941, il est abattu par la défense anti-aérienne et il se pose en catastrophe derrière les lignes ennemies. La panique est totale : le patron du RSHA, l'adjoint le plus proche d'Himmler risque de tomber aux mains des Soviétiques. Il échappe cependant à une capture et est rapidement recueilli par des membres de l'Einsatzgruppe D. Cette piètre carrière d'aviateur lui vaut cependant d'être décoré de la Croix de fer de première classe. Himmler, puis Hitler lui-même lui interdiront dès lors de participer à des actions de guerre.Depuis 1931, la carrière de Heydrich est rectiligne et se place dans le sillage de celle d'Himmler : à la tête du SD puis du RSHA, Heydrich épure le parti, pourchasse les opposants, organise les Einsatzgruppen et met en place les mécanismes de la destruction des Juifs d'Europe. En 1941, elle prend un nouveau cours. Le 24 septembre 1941, Hitler nomme Heydrich suppléant (Statthalter) du gouverneur du Protectorat de Bohême-Moravie, Konstantin von Neurath, jugé peu efficace et officiellement en congé de maladie. Si von Neurath reste officiellement en place, il n’a plus son mot à dire et la situation est claire pour tout le monde : Heydrich est seul maître à bord à Prague. Traduisant une notable extension de ses pouvoirs, cette nomination permet en outre à Heydrich d’avoir des rapports directs avec les plus hauts dirigeants du Troisième Reich, sans devoir passer par l’intermédiaire d’Himmler. De plus, il est persuadé qu’elle lui confèrerait un profil d’homme d’État. Il tire ainsi parti de ses succès et fait oublier ses échecs comme l'accusation d'homosexualité portée contre le général Werner von Fritsch, accusation montée de toutes pièces et qui débouche sur l'acquittement de von Fritsch par le tribunal de guerre du Reich, le 17 mars 1938.
Dès son arrivée à Prague, Heydrich fait arrêter et condamner à mort le premier ministre Alois Eliáš, qui avait eu des contacts avec le gouvernement tchécoslovaque en exil à Londres. Il met au pas le président du gouvernement fantoche, Hácha, afin de dissiper toute idée d’indépendance vis-à-vis du Reich, aussi minime soit-elle. La population tchécoslovaque ne faisant pas preuve d’assez de docilité, Heydrich utilise rapidement son arme de prédilection : la terreur. Entre la date de son arrivée le 27 septembre et le 29 novembre, quatre cents Tchécoslovaques sont exécutés. La Gestapo s’installe au palais Pecek et fait disparaître plus de quatre mille opposants ou résistants. Heydrich entreprend aussi de vider le Protectorat de sa population juive, en la déportant dans le camp de concentration de Theresienstadt, puis dans les camps d’extermination. Il veut aussi maintenir la production industrielle tchécoslovaque, vitale pour l’effort de guerre allemand et ne plus apparaître uniquement sous l’image d’un bourreau. Il augmente les rations alimentaires, met en place des soupes populaires et lutte contre le marché noir. Ses responsabilités dans le protectorat n'empêchent pas Heydrich de continuer à diriger le RSHA, au prix d'allers-retours incessants entre Prague (Tchécoslovaquie) et Berlin (Allemagne). Il veille notamment à la répression des tendances anglophiles d'une partie de la jeunesse allemande, qui apprécie le swing. Il suit également avec attention le recrutement des prostituées du salon Kitty, bordel de luxe fréquenté par de nombreuses personnalités, dont les chambres sont truffées de micros, sans aucun résultat probant.
Au bout de quelques mois de règne absolu sur le Protectorat de Bohème-Moravie, Heydrich se sait craint. Il se croit aussi respecté, voire apprécié par la « partie saine » de la population. Au matin du 27 mai 1942, Heydrich est au faîte de sa puissance : promu Obergruppenführer, Protecteur, dans les faits, de Bohême-Moravie, directeur du RSHA, décoré à de nombreuses reprises, reconnu par les plus hautes personnalités du Reich, dont Hitler lui-même, il envisage de transposer en France les méthodes qu’il a appliquées à Prague. Pour lui l’avenir est porteur de promesses et son ascension est loin d’être terminée à seulement trente-huit ans. Comme à son habitude, Heydrich est seul avec son chauffeur, sans escorte ni protection particulière, à l’arrière d’un cabriolet décapoté. Un peu avant dix heures trente du matin, sa voiture ralentit dans un tournant sur la route qui le mène au quartier général établi dans le château de Hradcany. Trois résistants tchèques, parachutés de Londres, y sont tapis en embuscade. Le chef du commando, Josef Valcik signale l’arrivée d’Heydrich à l’aide d’un miroir. Lorsque la voiture d’Heydrich passe à moins de trois mètres de Jozef Gabcik, celui-ci brandit sa mitraillette mais l’arme s’est enrayée. Alors qu’Heydrich se redresse et dégaine son pistolet, le troisième membre du commando, Jan Kubis, lance une grenade qui explose à l’arrière de la voiture. Les éclats transpercent le siège arrière et blessent Heydrich au dos. Après plus d’une heure, il est transporté à l’hôpital Bulovka, dans une fourgonnette de livraison. La blessure d’Heydrich n’est en elle-même pas mortelle. Mais en traversant le siège arrière, les éclats de grenade ont également fait pénétrer dans la plaie des particules du rembourrage constitué de crins de cheval. La septicémie est foudroyante et rapidement généralisée. Le 4 juin 1942, à neuf heures vingt-quatre, Heydrich meurt. Le 9 juin, les hommes de la police de sécurité encerclent le village de Lidice, soupçonné d’avoir abrité les parachutistes.
Les 184 hommes du village sont exécutés par la SS ; les femmes sont déportées à Ravensbrück, d'où une bonne partie d'entre elles reviendront ; par contre, sur les 105 enfants déportés à Lodz, puis gazés à Chelmno, seuls 17 ont survécu. Une partie des enfants du village, aux traits aryens, sont confiés à des familles allemandes, au travers du Lebensborn. Après le massacre et les déportations, Lidice est incendié et rasé jusqu’au sol. La répression se poursuit tout au long de l’été 1942 et fait plus d’un millier de victimes. À Lezaky, les hommes et les femmes du village, soit trente-trois personnes, sont tous fusillés après la découverte d’un émetteur clandestin. Les complices et sympathisants des membres du commando sont condamnés à mort. L’évêque orthodoxe de Prague, Monseigneur Gorazd, le chapelain de l’église dans laquelle les parachutistes avaient trouvé refuge, Vladimir Petrek, et deux autres religieux sont exécutés à l’issue du procès le 1er septembre. 236 autres condamnés sont déportés à Mauthausen et liquidés le 24 octobre.
Dénoncés par Karel Kurda, le quatrième membre du commando, Valcik, Gabcik et Kubis, qui se sont réfugiés avec quatre autres parachutistes dans la cathédrale orthodoxe des Saints-Cyrille-et-Méthode, sont assiégés le 18 juin par 800 hommes de la SS et de la Gestapo. Après une véritable bataille de siège durant laquelle ils opposent une résistance farouche, les sept résistants périssent dans les combats ou se donnent la mort. Pour leur identification, la Gestapo coupe la tête des cadavres et les expose sur une étagère devant laquelle elle fait défiler parents et amis. Rapatrié à Berlin, le corps d'Heydrich a droit à des funérailles nationales orchestrées avec tout le décorum nazi. Heinrich Himmler salue tout d'abord « le caractère d'une rare pureté du défunt [qui] du plus profond de son âme et de son sang, a compris, réalisé et matérialisé la conception du monde d'Adolf Hitler ». Après le SS-Reichsführer, c'est le Führer lui-même, Adolf Hitler, qui rend hommage au défunt : « Je n'ai que peu de mots à dédier à ce mort. Il était l'un des meilleurs nationaux-socialistes, l'un des plus vaillants défenseurs de l'idée du Reich allemand, et l'un des adversaires les plus résolus de tous les ennemis du Reich » (Adolf Hitler, 9 juin 1942).
En privé, Hitler se déchaîne contre l'imprudence d'Heydrich : « Des gestes héroïques comme se déplacer dans une voiture ouverte [...] sont des folies dont la nation n'avait pas besoin. Les hommes de la stature politique de Heydrich devraient avoir conscience qu'on les guette comme du gibier et que d'innombrables personnes n'ont qu'une idée en tête : comment les tuer ». Après un intérim assuré par Himmler, Ernst Kaltenbrunner reprend les rênes du RSHA le 30 janvier 1943, sans jamais atteindre le niveau de pouvoir et d'influence de son prédécesseur. De mai 1942 à avril 1945, Lina Heydrich vit dans le château et le domaine de Jungfer-Breschnan, près de Prague, qu'elle fait notamment entretenir par des détenus extraits du camp de concentration de Theresienstadt. C'est dans le parc du château qu'elle fait inhumer, en présence de Heinrich Himmler, son fils Klaus, mort lors d'un accident de la route le 24 octobre 1943. Lors de la fuite devant les troupes soviétiques, elle réquisitionne les services du conducteur de car impliqué dans l'accident mortel de son fils, dont la Gestapo avait pourtant déclaré qu'il n'avait aucune responsabilité dans le décès de Klaus : il disparaît lors du voyage. Poursuivie et condamnée lors du processus de dénazification en Allemagne, Lina Heydrich multiplie les procédures pour se voir finalement disculpée ; elle intente ensuite procès sur procès et finit par obtenir une pension sur la base d'un jugement déclarant que Reinhard Heydrich avait été la victime d'un acte de guerre. Après avoir défendu la mémoire de son mari dans la presse et à travers ses mémoires, allant jusqu’à affirmer à maintes reprises qu'il n'avait eu aucune part de responsabilité dans l'extermination des Juifs, elle meurt sur son île natale le 14 août 1985. Grand (1 mètre 85), blond, athlétique, sportif, escrimeur de niveau international, bon violoniste, marié à une nazie convaincue et père de quatre enfants, d’un réel courage physique, Heydrich semble, par bien des aspects, correspondre au profil de l'Übermensch.
Mais il est aussi un mari volage, un coureur de jupons invétéré, un amateur de soirées éthyliques dans lesquelles il entraîne ses collaborateurs, un officier de marine à la voix grêle et à la carrière écourtée, un pilote de chasse sans victoires à son actif. Travailleur, bon organisateur, sachant s’entourer d’adjoints efficaces malgré leurs profils divers, il fait preuve d’une grande détermination et de beaucoup d'ambition. Exigeant pour ses collaborateurs, inaccessible au doute ou à la critique, il témoigne d’une obéissance totale à l’égard de son supérieur immédiat, Heinrich Himmler. Un des traits les plus saillants de la personnalité d’Heydrich est sa totale incapacité de manifester, voire d’éprouver, le moindre sentiment, si ce n'est du mépris, notamment à l'égard de ses adjoints, ou au travers de ses fréquentes et terribles crises de colère. Pour tous ceux qui l’ont approché, qu’il s’agisse de ses complices ou de ses victimes, c’est un homme froid et dur, l’un des plus craints du régime nazi. Pour Albert Speer, « Heydrich était un homme froid qui se contrôlait toujours et formulait ses idées avec une rigueur d'intellectuel » ; pour Walter Schellenberg, « il pouvait être incorrect jusqu’à la cruauté. [...] Cela ne l'empêchait pas, étant donné que son supérieur, le Reichsführer SS Himmler, accordait beaucoup d'importance à l'image de la vie de famille, de jouer les tendres époux et les bons pères de famille [...] » ; en parlant d'Heydrich, Ernst Kaltenbrunner déclare lors de son emprisonnement pendant le procès de Nuremberg : « C'était un homme terriblement ambitieux et assoiffé de pouvoir. Ce désir de pouvoir était sans mesure, et il était extraordinairement intelligent et astucieux » ; selon l'historien Joachim Fest, « c'était un homme comme un coup de fouet, dans sa froideur de sentiments luciférienne, son amoralité tranquille et son inextinguible soif de pouvoir ».
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