À partir de juin 1940, toute la population d'Aurigny (environ 1 500 habitants) est évacuée de l'île. Des bateaux d'évacuation officiels sont envoyés par le gouvernement de Grande-Bretagne, même si certains habitants décident cependant de s'échapper par leurs propres moyens, par exemple via Guernesey. Mais les Allemands arrivent rapidement dans le secteur et occupent les îles ; beaucoup d'Aurigniais sont alors incapables de partir et doivent rester sur Guernesey jusqu'à la Libération. Pendant la Seconde Guerre mondiale, les îles anglo-normandes sont la seule partie du Commonwealth occupée par le troisième Reich.
Lorsque les Allemands arrivent sur l'île, celle-ci est déserte. Dès les premiers jours, ils commencent à fortifier le littoral comme sur Mur de l'Atlantique. Les Allemands construisent aussi quatre camps de concentration nazis dépendant du camp de concentration de Neuengamme et placés sous le contrôle du SS-hauptsturmführer Maximilian List. Ce dernier arrive sur l'île le 23 février 1943 pour diriger le premier camp surnommé le Lager Sylt, situé au sud de l'île, surplombant la baie des télégraphes. Ce camp interne des travailleurs étrangers de l'Organisation Todt qui œuvrent sur les fortifications des îles. Juste en face, List fait construire son chalet personnel dans le goût du Nid d'Aigle d'Adolf Hitler.
Plus tard, List dirigera aussi un autre des 4 camps de concentration sur Aurigny, le Lager Norderney situé au nord de l'île. List quitte Aurigny en mars 1944, remplacé par l'Obersturmführer Georg Braun. Plus de 700 des 6 000 prisonniers perdent la vie avant que les camps ne soient fermés et les résidents restant transférés en Allemagne en 1944. De retour sur leur île, les Aurigniais n'ont aucune connaissance réelle des camps. Ils n'apprendront leur existence qu'en décembre 1945. Les Allemands d'Aurigny se rendent le 16 mai 1945, huit jours après la capitulation de l'Allemagne nazie et le suicide d'Adolf Hitler. Soit sept jours après la libération de Guernesey et de Jersey.
2 332 prisonniers de guerre allemands sont capturés à Aurigny le 20 mai 1945, les autres, au nombre de 500, serviront les Américains pour les seconder dans les opérations militaires. Après la guerre, une enquête est menée contre List, citant les atrocités commises lors de son passage sur Aurigny, avec un jugement en tribunal. Toutefois, List ne se rend pas à ce procès et ne sera jamais officiellement retrouvé. Des renseignements indiquent qu'il aurait vécu près de Hambourg où il serait mort dans les années 1980.