Niels Eugen Haagen, né le 17 juin 1898 à Berlin et mort le 3 août 1972 dans cette même ville, était un bactériologiste et virologue allemand. Il enseignait également à la Reichsuniversität Straßburg.
Il est à l'origine du vaccin contre la fièvre jaune. Il est avant tout connu pour avoir pratiqué au camp de concentration de Natzwiller-Struthof des expériences « médicales » concernant le typhus sur des déportés. Condamné d'abord le 24 décembre 1952 par le tribunal militaire de Metz aux travaux forcés à perpétuité, il est finalement condamné à Lyon le 15 mai 1954, en même temps que Otto Bickenbach, à vingt ans de travaux forcés, mais amnistié dès 1955.
Il épouse ensuite Brigitte Haagen-Crodel, une assistante médicale. De 1956 à 1965, il effectue des recherches à l'Institut fédéral de recherche (Bundesforschungsanstalt) de Tübingen sur les maladies virales des animaux. Il retourne par la suite à Berlin, où il mourra en août 1972.