Ali Khamenei (né en 1939 à Mashhad) est un ayatollah et l'actuel Guide suprême de la Révolution islamique (Rahbar en persan), ce qui est le poste le plus élevé de la République islamique d'Iran, au-dessus de la charge officielle de Président de la République, qu'il occupa lui-même de 1981 à 1989. Son turban noir indique qu'il est un seyyed, un descendant de Mahomet.
Khamenei a étudié la philosophie islamique puis est devenu ayatollah1. Ses adversaires ont longtemps raillé ses connaissances religieuses plutôt limitées. Il est l'une des principales figures de la Révolution islamique contre le chah Mohammad Reza Pahlavi. Selon le témoignage de Hossein Boroujerd, le 19 août 1978, il aurait participé à l’incendie volontaire du cinéma Rex, dans la ville d'Abadan, où sont mortes carbonisées plus de 400 personnes. Les mollahs se seraient emparés des prêches pour en accuser le Shah. Le lien entre le Shah et les ouvriers du pétrole se serait alors rompu, la ville et les ouvriers basculant dans l’opposition à la monarchie. Il fut l'un des principaux confidents de l'ayatollah Khomeini. Khamenei est nommé imam de la grande prière du vendredi de Téhéran par l'ayatollah Khomeini en automne 1979, après la démission de l'ayatollah Hossein Ali Montazeri de ce poste.
En juin 1981, l'ayatollah Khamenei échappe à un attentat, préparé par l'Organisation des moudjahiddines du peuple iranien. Une bombe cachée dans un magnétophone lors d'une conférence de presse éclate près de lui. Sérieusement blessé, il perd sa main droite et l'usage d'un bras. Il ne se déplace plus qu'avec une canne, mais il gagne une réputation de miraculé parmi ses fidèles et porte officiellement le titre de « martyr vivant », estimant que « Dieu m'a épargné pour des responsabilités plus lourdes ». En 1981, Khamenei, après l'assassinat du président iranien, Mohammed Ali Rajai, est élu président de la République islamique d'Iran, le premier religieux à ce poste.
Khomeini voulait garder les ecclésiastiques à l'écart de la présidence mais il a échoué de ce point de vue. La présidence de Khamenei a été analysée comme celle où l'Iran a abandonné tous les espoirs de sécularisme, et est devenu bien plus religieux. Il est réélu pour un deuxième mandat en 1985. Khamenei en tant qu'allié et ami de Khomeini, n'a pas eu de ligne politique en contradiction avec celle de Khomeini, il s'est rarement opposé au guide suprême, à la différence du premier président de l'Iran, Abolhassan Banisadr. Lors de la guerre Iran-Irak (1980-1988), Khamenei a refusé obstinément toute une série de cessez-le-feu, en partageant l'intransigeance martiale de son mentor.
À partir d'août 1988 et jusqu'en février 1989, sous la présidence de Khamenei, a lieu le "massacre des prisons" au cours duquel sont perpétrées des exécutions massives de prisonniers politiques. Selon Amnesty International, "il s'est agi de la plus importante vague d'homicides depuis celles qui avaient eu lieu lors de la première et de la deuxième année ayant suivi la révolution iranienne en 1979. Au total, entre 4 500 et 5 000 prisonniers, parmi lesquels se trouvaient des femmes, auraient été tués".
En 1989, il déclare « inconditionnelle et permanente » la fatwa contre Salman Rushdie. En fait, le 17 février 1989, trois jours après la fatwa de l'ayatollah Khomeini, Ali Khamenei avait semblé indiquer que « le peuple islamique accorderait son pardon si l'auteur des Versets sataniques revenait sur ses erreurs ». Salman Rushdie répondit « qu'il regrettait le choc moral qu'il avait fait subir aux adeptes sincères de l'islam ». Cependant, dès le 19 février, Khamenei enfonça le clou : « Même si Salman Rushdie se repent au point de devenir l'homme le plus pieux de notre temps, l'obligation subsiste, pour chaque musulman, de l'envoyer en enfer, à n'importe quel prix, et même en faisant le sacrifice de sa vie. ». Il a stigmatisé l'écrivain comme « un apostat dont le sang pourrait être versé impunément », en janvier 2005. Il a aussi soutenu, dans les années 1990, le GIA algérien pour son activisme terroriste.
À la mort de Khomeini, Khamenei est élu guide suprême par l'Assemblée des experts, sous l'influence de Hachemi Rafsandjani, 4 juin 1989. À son poste, la plupart des observateurs le considèrent comme un "dur" du régime, gardien intransigeant des principes et des valeurs de la révolution islamique de 1979. Désigné par un collège de 80 religieux, après un changement de constitution, il s'adjuge le contrôle total des relations extérieures, la défense, les services de sécurité, la justice et pèse fortement sur les médias. Dès la fin 1989, c'est lui qui choisit le futur secrétaire général du Hezbollah, Hassan Nasrallah, pour le représenter à Beyrouth.
Durant la présidence du réformateur Mohammad Khatami (1997-2005), Ali Khamenei freine souvent la politique d’ouverture de la société et des institutions voulue par le président. Et même avec le président Mahmoud Ahmadinejad, il n'hésite pas à user de son veto contre les décrets lui déplaisant. Au printemps 2006, il a ainsi bloqué un décret autorisant l'entrée des femmes iraniennes dans les stades. Plus globalement, il a affirmé à de nombreuses reprises sa vision sociale discriminatoire envers les femmes. « L’homme est fait pour entrer sur les terrains économiques et financiers… Mais la femme […] doit accoucher, allaiter, elle a un physique fragile, elle est moralement sensible, elle est affective, ne peut entrer dans tous les domaines […], cela crée des restrictions pour les femmes… L’homme, plus fort, est privilégié.»
Lors de la crise internationale liée aux caricatures de Mahomet, l'ayatollah Khamenei dénonce le 7 février 2006, à Téhéran, la publication de caricatures du prophète de l'islam, dans la presse européenne comme étant une « conspiration sioniste ». Il reconnaît aussi implicitement, le 14 mai 2009, après l'avoir nié pendant des années et défendu l'objectif civil de ses recherches atomiques, la volonté de posséder des armes nucléaires de son pays. En juin 2009, Ali Khamenei soutient le président sortant Mahmoud Ahmadinejad, réélu dans des conditions contestées par une partie de la société iranienne. Ali Khamenei a qualifié Israël de "tumeur cancéreuse" en 2009 et en 2012, précisant la seconde fois qu'elle devait être supprimée, et a assuré le soutien de l'Iran à tout groupe qui combattrait ce pays.