Il était un SS - Obersturmführer (Lieutenant) et l'adjudant de Richard Baer (Commandant du Camp de concentration d'Auschwitz de mai 1944 à février 1945). En 2006, un album photo créé par Höcker, avec quelque 116 photos de son séjour à Auschwitz, a été donné à l'United States Holocaust Memorial Museum, suscitant un nouvel intérêt pour ses activités en tant qu'administrateur de camps de concentration. Le plus jeune d'une famille de six enfants, Höcker est né dans le village de Engershausen (qui fait maintenant partie de Preußisch Oldendorf ), Allemagne.
Son père était travailleur dans la construction (il fut par la suite tué au combat pendant la Première Guerre mondiale). Après un apprentissage en tant que caissier de banque, il travailla dans une banque à Lübbecke avant d'être licencié quelque temps plus tard. Après avoir été au chômage pendant un peu plus de deux ans et demi, il rejoint les SS en octobre 1933 puis le parti nazi en mai 1937. Le 16 janvier 1945 est donné le dernier ordre général concernant Auschwitz, les nazis font exploser la plupart des crématoires et brûlent leurs archives, puis évacuent du camp quelques 58 000 prisonniers encore capables de marcher. On appela cela « la marche de la mort ».
Le 18 janvier, le camp est totalement vidé de ses occupants allemands et les détenus valides ont commencé leur marche de la mort vers différents camps de concentration. En tant qu'adjoint au commandant en chef Karl Höcker reste à Auschwitz jusqu'à l'évacuation puis est transféré au camp de Dora avec Richard Baer. Les deux hommes administrent le camp jusqu'à l'arrivée des Alliés, cependant Höcker parvient à prendre la fuite et quitter le camp juste avant l'arrivée des Américains. Arrêté par les Britanniques alors qu'il tentait de s'enfuir, Höcker grâce à de faux papiers ne put être identifié. Ignorant tout de ses activités à Majdanek et Auschwitz, les Anglais le relâchèrent. C'est sans doute à ce moment là qu'il se débarrassa de son album devenu encombrant. Il retourna chez lui où il retrouva sa femme, ses deux enfants et un emploi de caissier de banque.
En 2006, un album de photos d'Auschwitz encore jamais vu à ce jour est arrivé à l'United States Holocaust Memorial Museum. L'album contient des images rares de la vie de fonctionnaires allemands à Auschwitz alors que le camp est en fonctionnement, y compris quelques photos de Josef Mengele à Auschwitz.
Höcker est mort en 2000, prétendant jusqu'à la fin qu'il n'avait rien à voir avec le camp d'extermination de Birkenau. Au cours de sa dernière déclaration au procès de Francfort en 1965, il a dit : « Je n'ai appris les événements de Birkenau ... Qu'au temps où j'étais là ... je ne pouvais rien y changer. Je n'avais aucune possibilité d'influencer ces événements, de les modifier, encore pire de les empêcher, et cela en aucune façon ... pas plus que je ne l'ai voulu, souhaiter, ni mis en œuvre. Je n'ai jamais fait de mal à personne ... Personne n'est jamais mort à Auschwitz à cause de moi. » Höcker avait témoigné qu'il n'avait jamais mis le pied sur la rampe lors du processus de sélection, en dépit d'un survivant rappelant qu'un officier du nom de famille de Höcker étant présent sur la rampe.