Mohamed Yusuf (né le 29 janvier 1970 dans la localité de Girgiri, village de l'État de Yobe au nord-est du Nigeria - mort le 30 juillet 2009 à Maiduguri) est un islamiste nigérian. Il était le chef spirituel du groupe armé Boko Haram, actif dans les États au nord-est du Nigeria
Issu de l'ethnie des Kanuris, il a suivi des études en théologie à Médine en Arabie saoudite. En 2002, il fonde le mouvement Boko Haram dont l'idéologie s'inspire des Talibans d'Afghanistan. Mohamed Yusuf était connu pour ses prêches intolérants, ainsi que pour son rejet de toute forme d'occidentalisation et de l'islam modéré. Son groupe, partisan d'une application stricte de la charia dans tout le pays, montre rapidement son hostilité envers le régime du président Umaru Yar'Adua. De 2003 à 2009, de violents heurts opposent les membres de son groupuscule aux forces de sécurité.
En 2006, selon le journal Libération, Mohamed Yusuf aurait été identifié comme le leader spirituel des Talibans nigérians et arrêté. Il aurait alors nié se trouver à la tête du groupuscule avant d'être finalement relâché. En 2008, son groupe attaque un poste de police à Maiduguri. 17 islamistes sont tués au cours de l'assaut. Mohamed Yusuf est arrêté le 13 novembre 2008 pour « rassemblements illégaux » et « troubles à l'ordre public » et est transféré à Abuja, centre du pouvoir judiciaire. Il est toutefois à nouveau relâché sur décision de la cour.
En 2009, il participe à un débat théologique avec plusieurs religieux de la ville Bauchi où ses adversaires cherchent à le ridiculiser. Il décide de monter une expédition armée en représailles mais ses hommes se heurtent aux forces de sécurité qui ont éventé l'action. Le gouvernement décide de mettre fin aux activités de la secte et l'affrontement se transforme en guerre ouverte. Le 26 juillet, il coordonne les attaques simultanées de son groupe contre les autorités dans quatre provinces au Nord du pays. Le leader appelle à un changement de la « démocratie » et du « système d'éducation ». De même, il n'hésite pas à menacer de mort les imams qu'il juge modérés.
Les combats durent cinq jours et entraînent la mort de plus de 700 personnes dont au moins 300 membres de la secte. Mohamed Yusuf est capturé à Maiduguri, capitale de l'État de Borno, par les autorités nigérianes dans la journée du 30 juillet 2009. Il est exécuté par balles peu de temps après. Son décès est confirmé par les autorités. Selon la version officielle du gouvernement nigérian, Mohamed Yusuf aurait été abattu par ses geôliers alors qu'il tentait de s'évader. Sa véracité est mise en doute par certains défenseurs des Droits de l'homme qui estiment que Mohamed Yusuf aurait été exécuté après avoir demandé la grâce de ses gardes. Mohamed Yusuf était marié à quatre femmes et était père de 12 enfants..